郑成功劝阻父亲不成，只好带着部分士兵出走金门。
郑芝龙本以为降清之后不但得保家业，还能加官晋爵；不料清军征闽主帅博洛背约，不但将郑芝龙与诸子一同挟往燕京，更出兵攻打郑家的故乡闽南南安。
郑成功之母田川氏当时已从日本搬至南安定居，不幸碰上此次劫难，于战乱中自缢身亡；郑成功得知母亲死后，更加坚定了抗清的决心。
清廷要求郑芝龙劝说儿子郑成功投降，不然，将杀死郑芝龙。郑芝龙在人为刀俎的情况下，只得忍气吞声，写信劝说郑成功投降。
郑成功哪里理会郑芝龙？坚决不投降！
清廷大怒，把郑芝龙杀了！
可怜郑芝龙一腔汉奸心，付之流水也！
他本可以过得很好，完全不用去当俘虏，手握重兵，镇守福建，进可取南京，退可到台湾，这么好的条件，竟然跑去投降，真是作死！
所以，他的死，真正是活该！
公元1646年八月，清军攻克浦城、霞浦；隆武帝出奔江西，在汀州遭清军俘虏，之后绝食不屈而亡。
南明帝系旋由桂王朱由榔继承，改元“永历”。
隆武政权灭亡后，郑成功避走金门，然后开始于沿海各地招兵买马、收编郑芝龙旧部，更在南澳募集了数千兵力。
公元1647年七月，郑成功会同郑彩部队攻打海澄，失败；八月，郑成功又与郑鸿逵部合围泉州府城，清漳州副将王进率援军至，郑军不敌败退。
公元1648年，南明浙江巡抚卢若腾等人来归，郑成功蓄积实力后再次出击，攻克同安县。五月，郑军围攻泉州；七月，清朝靖南将军陈泰、浙闽总督陈锦、福建提督赵国祚等转而攻击同安，郑军不敌，守将、军民死伤无数。不久，清朝援军抵达泉州，郑成功乃解泉州之围，怆然退回海上。
同年，清朝江西总兵金声桓、王得仁于江西起兵反清，清朝广东提督李成栋亦投向永历政权，使反清复明的声势一时大涨；只可惜各方反清势力在彼此没有默契、各自为政的情况下，大多沦为地方性的抗争。不久后，清廷压制了江西的金声桓、王得仁势力；广东李成栋军亦于次年灭亡。
公元1649年，郑成功改奉永历年号为正朔；
永历帝即册封其为“延平王”，从此亦有人称成功为“郑延平”。
公元1649年十月，郑成功决定挥兵南下，除打击闽南清军外，也打算沿路收服各地的城寨以为粮源。
一个多月下来，从清军手上攻取漳浦、云霄等地，亦平定了达濠、霞美等寨；十一月，郑军攻诏安不克，乃决定转入粤东，经分水关至潮州一带征讨不合作的零星势力；至隔年五月之间，又收服了潮阳以及周边许多山寨。
潮州守将郝尚久虽已于1648年随李成栋反清，但曾袭击施琅、郑鸿逵等部，也曾拒绝郑成功“联军”的要求，并在郑军攻打新墟寨时派兵与之为难，与郑成功素有嫌隙。
公元1650年六月，郑成功军队行抵潮州，便以郝尚久立场“不清不明”为由，出兵击之；郝部不敌，退守府城，揭阳、普宁、惠来等县尽入郑军之手。
不久，清军再次攻入广东；郝尚久背腹受敌，负气降清，引清军入潮州城以抗郑军。
郑军围困潮州城三月不克、士气低落，又面临粮饷接济问题，只得于八月解潮州围退回闽南。