公元1650年，郑成功族叔郑彩、郑联的军队领有厦门。
郑成功退回闽南之后，为了拓展实力乃借口郑联在厦门横征暴敛、使民不聊生；采取施琅的献策，用计图取厦门。
同年中秋，郑成功趁着郑彩离开厦门的时机，前往厦门拜访郑联，郑联大意并未设防，惨遭刺杀身亡。
不久，郑彩得知郑联的死讯，更加不敢与郑成功作对，回到厦门便将兵权都交了出来；郑成功自此接收了郑彩、郑联大部分的部队，并且实际取得厦门、金门作为根据地。
公元1650年农历十一月，清平南王尚可喜、靖南王耿继茂率数万铁骑攻入广州；郑成功奉敕南下勤王，令叔父郑芝莞留守厦门。
十二月，郑成功抵广东揭阳，与郑鸿逵会师；
俩人商讨后，决定由郑成功继续率军南下勤王，而郑鸿逵则移师往厦门协防。
同年，鲁王朱以海在阁部曾樱等人陪同下，来到厦门投靠郑成功，被安置在金门。
公元1651年正月，郑成功抵南澳。
二月二十五日，郑军舰队于盐州港附近遭遇风暴，郑成功的主船险些解体、翻覆，几乎所有船上器具，包括鼎灶都一并丢失；据记载当时船上甚至连食物都无法准备，郑成功本人也连饿两餐。直到隔天下午风雨渐歇，郑成功的主副座船才得以回到岸边与舰队会合。
此乃郑成功本人于海上遭遇最大的一次凶险，事后，郑成功也重赏主副中军船的两位驾驶。
三月，郑军抵达广东大星所。
另一方面，清福建巡抚张学圣得知郑成功的主力军队已经前往广东，厦门防务松散，似有可趁之机；乃命令马得功、王邦俊等趁虚攻击厦门。
马得功挟持身在南安的郑芝豹，命其交出船舰渡载清军往厦门，并且顺利在海面上击败郑军。
面对清军来袭，负责厦门防务的郑芝莞未战先怯，只顾著将财物搬运至私人船上逃亡；使得清军相当轻松就攻破厦门，并将郑家的积蓄、装备掠夺一空。
由于事出突然，董夫人与郑成功长子郑经只来得及携带祖宗牌位避于海上逃过一劫。
清军侥幸偷袭得逞之后，却没打算留在厦门与郑军决战，于是满载战利品即返回内陆。
这时，赶赴厦门支援的郑鸿逵，正好于海面遭遇返航之马得功部队，将其围困，却被马得功威胁将害其母、兄性命，无奈之下只好放走马得功。
不久，郑成功于广东得知了厦门遭袭击的讯息；原本他仍坚持继续南下勤王，但终因上下将士思归，哭声遍闻，乃不得已班师回厦门。
他收复厦门后，追究起责任，将怯战以逃的叔父郑芝莞斩首；而放走马得功的郑鸿逵则交出兵权、自请退隐东石镇白沙，不再过问政事。
同年五月，郑鸿逵麾下大将施琅因叛变事泄，擅自处决郑成功部将曾德。
郑成功以此为由，欲诛施琅全家。