朱由检意识到用错了袁崇焕后，当下下诏任命孙承宗出任原来的官职兼任兵部尚书，前去驻守通州。
孙承宗入宫后，朱由检在平台召见，问孙承宗的退敌策略。
孙承宗说：“我听说袁崇焕驻守蓟州，满桂驻守顺义，侯世禄驻守三河，这是防守的好策略。但又听说尤世威回昌平，侯世禄驻守通州，有些不合时宜。”
朱由检忙问：“你打算守三河是什么意思？”
孙承宗回答说：“守三河可以阻止敌人西奔，遏制敌人南下。”
朱由检觉得孙承宗的计策很好，又问：“那又要怎么保卫京都？”
这是朱由检最关心的，因为，被皇太极攻打一次京城，吓唬住了他。
孙承宗说：“在危急的时刻，不能让守城人忍受饥饿寒冷，整备好军备，犒劳将士们，巩固人心。”
孙承宗的计策，让朱由检都觉得很好，于是对孙承宗说：“你可以不去通州，就在京城总督内外军务，运筹帷幄。”
就在河阳，孙承宗让首辅韩爌修筑关防，又亲自到都城各处巡防。
第二天半夜，朱由检突然传旨让孙承宗去守通州。
孙承宗也没问原因，领着二十七名骑兵出东便门，直奔通州，与保定巡抚解经传、御史方大任、总兵杨国栋固守通州。
但不久之后，清军绕道直逼京都。
孙承宗便派遣尤岱率领三千骑兵支援，派遣刘国柱率领二千兵马与尤岱回合，调三千密云兵驻守东直门，五千保定兵驻守广宁门，又派人收复马兰、三屯二城。
袁崇焕被杀后，袁崇焕手下将领祖大寿害怕朝廷也清算他，所以，没有积极应战。
孙承宗得知后，急忙派遣贾登科带着自己的书信去抚慰祖大寿，又派石柱国抚慰其它将士。
祖大寿却不为所动。
孙承宗认为袁崇焕有罪，但仍然上书朱由检，力保祖大寿，说祖大寿不会真的反叛。
孙承宗又派人让祖大寿上奏章说明自己为什么往东溃逃。
祖大寿于是向皇帝朱由检上书。
朱由检非常高兴，不怪罪祖大寿。
辽东将士大多马世龙部曲，朱由检命孙承宗移镇关门，溃逃的将领听闻孙承宗到来，这才安心回归。
孙承宗的这些做法，真是主帅风范，战略家眼光，尤其是气度上，以团结为主。
袁崇焕要是有孙承宗这样的气度，他也不会死得那么凄惨！
崇祯三年，公元1630年，清军占据遵化、永平、迁安，又分兵攻取抚宁，抚宁是史可法在守，清军攻取不下，又转攻山海关，又攻不下，于是清军又攻抚宁及昌黎，可还是攻不下。
孙承宗抚慰溃军，祖大寿等重归于麾下，又有马世龙部下及四方援军，孙承宗又招募大量死士沿海守卫直达京师。
京都戒严后，全国各地来勤王的士兵多达二十万，在蓟门及京畿一带驻扎。
孙承宗认为遵化在北，容易攻取却很难守，不如收复滦州。他计划好后，便令东西各营一起进兵。