崇祯二年，公元1629年，还没等后金来进攻，明朝守军自己先乱了。
驻守宁远的来自于川、湖等地的士兵，因为军饷的事而哗变。
袁崇焕忙用计将他们平定，之后，他请求将宁远、锦州合为一镇，让祖大寿镇守锦州，何可刚替代朱梅驻宁远，赵率教守关门，袁崇焕自己驻宁远，同时上书给朱由检极力称赞祖大寿等三人的才能，并说自己五年复辽的计划全靠这三人来实现，如果五年后没有实现，他将亲手将这三人斩杀，自己到司法部门领罪服死。
朱由检见袁崇焕如此敢立军令状，对他更是信任，当下加封袁崇焕为太子太保，并赐给蟒衣银币。
也在这一年，袁崇焕以东江毛文龙虽然能牵制后金军，但毛文龙耗费的钱粮实在太大，当下上书请求让朝廷派人来管理毛文龙部的军饷。
毛文龙不喜欢有文官监制着自己，于是上书争辩。
之后，毛文龙前来拜谒袁崇焕，袁崇焕以上宾之礼接待毛文龙，毛文龙也不谦让，袁崇焕看到毛文龙如此作大，当下决定杀掉毛文龙。
同年五月，袁崇焕以阅兵为由去见毛文龙，毛文龙设宴与袁崇焕喝酒，俩人常常喝到半夜，毛文龙没有觉察到袁崇焕的来者不善。
袁崇焕提议更改军营制度，设置监察官员。
这是给毛文龙暗示，他要是听从自己建议的话，可以不死。
可惜的是，毛文龙对此建议感到不高兴。
袁崇焕又用回乡来打动他，给他最后一条生路。
毛文龙不悟，说：“我向来有这个意思，但只有我知晓辽东的事务，辽东的事情解决后，朝鲜衰弱，可以袭击占有。”
袁崇焕对毛文龙的回答感到不高兴，对毛文龙杀意已起。
之后，袁崇焕邀请毛文龙观看将士射箭，预先在山上设置好帐篷，令参将谢尚政等率兵埋伏在帐外。
毛文龙到了之后，他的部下没能入内。
袁崇焕说：“我早晨就走，你担当海外的重托，请受我一拜。”
毛文龙回拜之后，俩人开始登山。
路上袁崇焕问随从官员的姓名，大多都是姓毛的。
毛文龙说：“这些都是我的孙子。”
袁崇焕笑着说：“你们在海外长久劳累，每月禄米只有一斛，说来痛心，也受我一拜，请为国家尽力。”
众人都叩头道谢。
这时候的袁崇焕，看起来真是礼貌彬彬，丝毫没有杀气。
袁崇焕接着说几件毛文龙违法做的事，毛文龙与其争辩。
袁崇焕突然厉声斥责毛文龙，下令将毛文龙的冠服去除并捆绑起来。
毛文龙表示不服，袁崇焕当下列数毛文龙的十二条罪状，同时拿出了尚方宝剑！
毛文龙这才惊恐万分，他万万想不到与自己同级的袁崇焕，竟然敢擅自斩杀自己！
袁崇焕向来敢于冒险，胆子也大，当下管不了那么多了，直接把毛文龙给斩了！
袁崇焕杀了毛文龙之后，害怕他的部下叛变，于是增加他们的饷银，但是岛上的人没有主帅，人心背离，难以使用，而后会导致叛离。
袁崇焕上书给明廷：“东江镇是牵制敌人所必须依托的。现确定两协的编制，马军十营，步军五营，每年饷银四十二万，米十三万六千。”
朱由检对兵员减少军饷却增加的事情感到疑虑，但是一看是袁崇焕奏请的，也就答应了他。
朱由检对于袁崇焕擅自斩杀毛文龙的事，自然是感到震惊，没想到袁崇焕胆大包天到这种程度，国家的将领，他说杀就杀，连圣旨也不请示！但是，现在是依靠袁崇焕的时候，只能赞同袁崇焕杀死毛文龙了！
这一事上，袁崇焕情商很低，不请示就擅自杀死将领；而朱由检的情商很高，知道依靠袁崇焕的时候，不能开罪他。
这时的朱由检，可以说，对袁崇焕已经另一种态度了，那就是由绝对的信任，转为不满了！只是，他没有说出来而已！
崇祯二年，公元1629年十一月，后金主皇太极举兵数十万，绕开宁远防线，分别进入龙井关、大安口，进攻京城！
袁崇焕听闻后，率领祖大寿、何可刚入关守卫，所经过的蓟州、抚宁、永平、迁安、丰润、玉田各城，都分兵留守。
朱由检得知后，非常高兴，下令嘉奖袁崇焕的部下，并让袁崇焕统领指挥各地援军。
但不久之后，遵化、三屯营都被后金军攻破，赵率教也在遵化战役中中流矢阵亡，巡抚王元雅、总兵朱国彦自尽而死。