斗龙战士们被斗龙军团紧紧追击，情况越发危机。狄古、阿迪和匹匹龙回到阿莱达，见到了太古教授。太古教授对双龙核进行研究，他认为双龙核不仅是坐骑那么简单，应该是某个超级武器。千帆和十二星龙前往龙的世界收集密令的资料，至今未归。卡维力再次向雷古曼发起攻势，雷古曼能否逃过一劫？
凶兽龙召唤蓝天画，命令他们尽快寻找龙之密令和双龙核。卡森兽龙袭击雷古曼，凯风赶到救援，加比纳获得水象能量卡，也拥有了合体的能力。雷古曼和加比纳合体变成雷加兽龙，大战卡森兽龙。而另一边，索里用星之私语驱散闪亮三角龙的黑暗能量，闪亮三角龙把自己的能量卡交给索里以表感谢。
卡森兽龙的战斗力异常持久，雷吉和加索必须速战速决。战斗从晚上打到白天，雷吉和加索依旧不敌卡森，加索的力量消耗殆尽，就在卡森准备对加索痛下杀手时，阿迪坐着双龙核赶来救场，这下子阿迪成了众人的目标。
恢复神智的闪亮三角龙回到基地，救出其他原始恐龙。雷吉获得双龙核的力量实力大增，重新大战卡森，这次雷吉成功打败了卡森，东方末见状不妙躲入地底基地。原始恐龙们逃出魔掌，躲到圣龙学院，初次流浪的原始恐龙们能好好生存下去吗？
千帆和十二星龙终于抵达龙的世界，调查密令一事。他们遇到了乌鸦龙，乌鸦龙的行为鬼鬼祟祟，引起十二星龙的怀疑。东方末躲入地底基地，基地被战斗中砸落的建筑物封死，百诺怀疑东方末等人早已逃脱。大家在基地发现了古老的图案，只有集齐六大原始恐龙的属性才能打开基地大门。