东方末要原始恐龙寻找龙的密令，为了从太古教授那里获取密令的新情报，他们首要的目标就是抓住小熠。小熠也在探测东方末的位置，却一无所获，太古教授和百诺猜测东方末用黑暗力量屏蔽了信号。深夜，斗龙战士们各自回家，小熠和雷古曼被火焰伶盗龙袭击。
雷古曼和小熠被群龙围攻，雷古曼寡不敌众，身中重伤却坚持保护小熠，最后不得已才回到了斗龙手环。小熠利用斗龙手环进行穿越，误打误撞来到了龙源纪，刚才和他对战的伶盗龙也一起被传送过来，小熠再次面临危险。阿迪和匹匹龙摔下瀑布，意外发现一处遗迹。
加比纳与土剑龙展开激战，加比纳过于轻敌，它的水球被土剑龙的沙球击回。加比纳决定采取近身战，但还是被土剑龙击败了，见状吉亚多进化铠甲战龙，与土剑龙比试。同为土属性的吉亚多很快击败了土剑龙，但没多久东方末就带着原始恐龙们现身了。在龙源纪，匹匹龙和阿迪又将有何发现？
蓝天画带着披风神翼龙计划袭击百诺和索里，披风神翼龙只顾着攻击百诺，完全没注意来往车辆，被撞了个正着。索里用恐龙呼吸救醒披风神翼龙，一直被孤立的披风神翼龙感动不已，它们成了好朋友。百诺要披风神翼龙带他们去东方末的基地，蓝天画带着森美拉拦住他们。
人类世界这边，卡维力变身黑暗重甲兽龙，夺走了披风神翼龙的能量卡在龙源纪的遗迹，阿迪遇到了神秘的老恐龙，阿迪要想离开这里，必须打败老恐龙才行。阿迪提出要和老恐龙比烤鱼，老恐龙听闻龙的密令丢失，又被阿迪感动，于是把双龙核和毒龙芯的解药给了它，要它去拯救恐龙世界。
在人类世界，雷吉兽龙的能量消耗完毕，小熠等人面临危机。在龙源纪，狄古也来到遗迹，找到匹匹龙，阿迪坐着双龙核归来。阿迪和匹匹龙服下毒龙芯的解药龙魂珠，众人离开遗迹，双龙核突然发出耀眼的龙魂之光，所有恐龙的恐惧都消失了。狄古带阿迪和匹匹龙回到阿莱达。