凶兽龙劫持东方末和蓝天画，以及卡维力和森美拉，把他们直接丢在岛上。凶兽龙要东方末等人找回龙的密令，以帮他们成为最强的斗龙战士为交换条件。凶兽龙将恐龙令交给东方末和蓝天画，恐龙令能召唤凶兽龙，还能复活原始恐龙，拥有强大的黑暗能量。东方末等人服下毒龙芯，若是十四天内找不到龙的密令，他们就会毒发身亡。
东方末复活一匹原始恐龙后，把他们带回人类世界。东方末一众来到某处地下遗迹，用恐龙令的力量把这里改造成基地，随后便向圣龙学院出发。小熠等人在圣龙学院四处寻找作乱的原始恐龙，在天台遭遇自称“斗龙天团”的东方末一伙人。
斗龙战士与斗龙天团在学校天台比试，雷古曼和加比纳失足摔下教学楼，幸好加比纳的水柱把它们送回天台。卡维力进化成铠甲战龙，非要打败雷古曼它们不可。雷古曼和加比纳也进化成铠甲战龙，双方展开激战，东方末威胁小熠交出斗龙卡册。另一边的龙源纪世界，阿迪和匹匹龙打算挑战凶兽龙。
小熠的斗龙手环被没收，斗龙战士们准备先撤退，却被斗龙天团围住。东方末逼小熠交出斗龙卡册，小熠誓死不从。百诺要索里保护小熠，索里却被变身的森美拉擒住，斗龙战士失去了所有的战斗拍档，情况十分危急。最后在百诺的提醒下，小熠吹响斗龙号角，召回了斗龙手环。
东方末逃走，子耀和吉亚多与大家会合，并把遇到土剑龙的事告诉大家。土剑龙称已经有六只原始恐龙来到人类世界，但如今只有三只露面，为了找到剩下的恐龙，小熠和伙伴们决定去东方末家调查。在基地，东方末强行给原始恐龙注入黑暗能量，他究竟打算干什么？