在袁世凯的秘密暗示下，冯国璋被北洋悍将在京城发动兵变，清廷统治摇摇欲坠，皇室中人吓得六神无主。2月12日，在袁世凯等人的逼迫下，清廷隆裕太后代宣统皇帝颁布了退位诏书，清王朝宣告灭亡，中国两千多年的君主专制制度也随之结束。
在宣统皇帝宣布退位之后，袁世凯和孙文就南北和谈最终问题用电报进行了长时间的商谈，孙文表示只要袁世凯拥护共和，使清帝退位，自己愿拥他为总统。至于都城问题，孙文认为南京和北京都是可以的，但他内心更倾向于南京。袁世凯逼清帝退位后，孙文便按照约定提出辞职，请袁世凯来代替，不过孙文向袁世凯提出了三个条件，其中的两个条件与定都南京有关：一是临时政府地点设于南京，二是新总统在南京就职，想把袁世凯置于南方革命派的监督和控制之下。除此之外，日本方面当时对文的影响也是一个不容回避的问题。辛亥革命之际，对中国南、北政权均有特别影响的日本朝野，则多主张中国的政治中心放在南京。日本方面的出发点很清楚，它是想借中国政治中心南移的机会，削弱中国在北方的防御，便利其对满蒙的侵略扩张。
在参议院(以同盟会员为主)讨论此问题时，主张建都北京的占20人，主张建都南京的只有8人，只是在孙中山和黄兴等人的一再坚持下，参议院复议时才确定了南京。
然而从袁世凯这方面来说，他是根本不愿离开自己势力强大的北方而到南方受制于革命派。而北洋集团的将领们也不愿将中国的政治中心南移。
从客观上来说，萧震雷认为定都北平要比南京要好，在政治上，定都北平是各省大多数代表们的意愿；另外，在日本帝国主义处心积虑地想吞并东北的情况下，维持北平政治中心的地位，有利于制约日本和俄国，并抑制了复辟势力，使其最终没有形成气候。从军事角度上来说，南京不利于防守，而且紧靠长江，帝国主义的军舰可以对南京直接构成威胁。
不过萧震雷对定都的问题没有发表任何意见，他不想被革命党人孤立，此时也不能和同盟会这边闹翻。
就在同盟会这边就定都的问题与袁世凯打嘴仗的时候，萧震雷正在着手对各省驻留在南京城外的军队进行遣返工作，为了防止袁世凯翻脸不认人，萧震雷认为还是要继续保持足够的军队为好，他决定将各省在南京的军队大部分遣返，另外留下一些精锐编成一个师。
可这个时候偏偏发生了一件震惊中外的大事。2月19日，荷属爪哇岛泗水市华侨，纷纷走上街头，举行集会，升起五色旗，鸣放爆竹，庆祝中华民国的成立。荷兰殖民当局竟派军警武力干涉，开枪打死华侨三人，伤十余人，百余人被捕。愤怒的华侨采取闭门罢市的行动以示抗议，荷兰殖民当局进而出动大批军警强迫开市，又逮捕千余人，酿成轰动一时的“泗水事件”。
萧震雷收到消息之后异常愤怒，立即以临时政府的名义派人与荷兰公使接触，并表示严正抗议，要求荷属殖民当局立即释放被捕的华侨并对死难的华侨进行公开道歉和赔偿，否则保留追究的权力。
然而荷兰当局并未重视，对萧震雷的警告不理不睬，萧震雷等了几天未见到任何回应，当即恼了，他决定先斩后奏，一面向大总统孙文提出军事干预行动的计划，一方面下令海军舰队南下向澳门港进发，同时下令浙江第一军两个师西进福建向广东进军。
于此同时，萧震雷代表军方召开新闻发布会，宣布如果荷兰当局不在三天之内给出满意的回应，他将下令军队进攻澳门，逮捕在澳一切荷兰公民。
新闻发布会的召开引起了巨大的反响，袁世凯那边暂时还没有动静，不过同盟会革命党于2月26日召开了总统府会议，并让萧震雷参加，指着他不该越过临时政府擅自与荷兰公使接触。