在随后的临时政府总统府会议上，就如何处理那些参与暴乱的士兵和军官进行了激烈的讨论，萧震雷虽然不想参与同盟会内部的尔虞我诈，但他现在的身份是陆军次长和参谋总长，身为军队最高负责人之一，他必须要就此事发表意见，并且要以公正的态度对待此事才能维护自己在军队中的威望。
就在不少人提出要对那些参与暴乱的所有士兵和军官处以极刑的时候，他站出来道：“大总统、诸位同仁，我反对将所有参与暴乱的军官和士兵都枪决，要知道这次参与的士兵和军官达数千人，他们是各地派来的增援北伐的军队，我们要处决他们是不是应该与各地军政府进行一下沟通，商量一下？再说，也并不是每一个士兵都是主动自愿参加的，我相信绝大多数士兵和军官是被裹胁的，如果全部处决，则要杀数千人，这与屠杀何异？”
有人立即站起来冷笑着反驳：“萧次长，你要知道你是一个将军，你维护军官和士兵，我们表示理解，但是不能包庇纵容那些暴乱士兵和军官的罪行，可你是一个统兵之人，比我们更应该明白军纪军法的重要性，这次可是死了数百百姓，被抢了两千多家店铺，房屋被焚毁无数，难道这些被害百姓和被侮辱的妇女不需要讨个公道吗？”
萧震雷闻言冷冷道：“我说过不再追究此事吗？我只是说不能把这件事情扩大化、搞诛连，如果有的人罪不至死也要杀，那我们岂不是成了屠夫？还有，诸公，我要强调一点，这毕竟是军方的内部事务，我们军方会自行处理，与你们这些政客无关，你们管好自己的事情就行了，我和黄总长会进行善后处理，必定会尽快给大总统、社会各界和广大民众一个交代！”
孙文听了萧震雷的话也觉得把这件事情拿到这么多人面前讨论有些不妥，这会给某些人搅乱政局的机会，如果单方面交给军方处理就简单得多了，只要能给受害者、社会各界和广大民众一个交代就行，他扭头看了看黄兴，问道：“克强，你的意见呢？”
黄克强作为军方首脑人物，当任在心理上也是站在军方这边的，而且说到底这件事情的最终起因还在于他这个陆军总长没有解决好这些各地军队的吃饭穿衣问题，否则不可能发生这种事情，再说他也认为这次暴乱应该由军方内部自行解决，这也是为了维护军方的利益，如果以后军队方面出了什么事情，那些文官每次都要插手管一管，长此以往文官的地位又会凌驾于武官之上，又会与历朝历代相同，他不愿意看到武将被文官压制。
“就如萧寰宇所说，这些军人发生暴乱，是我们军队内部事务，理应由我们军方内部自行解决，我和萧寰宇作为陆军部总长和次长，自然会就此事给大总统、社会各界和广大民众们一个满意的交代，至于诸位，还是想想怎么筹措军费，然后将这些地方军队遣返回去吧，否则这种事情迟早还会发生！”
有人立即道：“我们如果能够想到办法筹钱，早就有办法了，何必等到现在？再说了，这筹措军费是你们陆军部的事情，与我们各部有何关系？”
“就是！”有人立即附和。
萧震雷听了心中冷笑，临时政府竟然有这种人存在，真是奇葩，他气极而笑道：“真是滑天下之大稽，如果军费需要我们陆军部自行筹集的话，那么我们这些当兵的还需要临时政府干什么？还需要你们这些人干什么？我们直接带兵去抢好了，或者军队自己去做生意好了，我相信只要我们军方拉得下这个脸面，全天下任何人的生意也没有我们军方做的好，谁敢跟我们军方抢生意得先问问我们手里的家伙答应还是不答应！可我们是军队，是国家的军队，我们的使命是守卫疆土、抵御外辱、保境安民，不是强盗，军队当然要由临时政府来养，否则我们凭什么服从临时政府的指挥和领导？”
众人被辩驳得鸦雀无声，孙文见状只得不能在这件事情继续拖延下去了，再拖下去只会造成军方和临时政府这边的矛盾加深，于是立即道：“好了，军方的事情就由军方自行处置，我相信黄克强和萧寰宇会对此事给我、社会各界和广大民众们一个满意的交代，这件事情就到这里，现在我们就如何筹措这笔遣散费来商议一下。就如萧寰宇所说的一样，这件事情的根子还在于各地军队返程没有足够的开拔费，军队再回去的路上要吃喝拉撒，这些都需要钱，如果不给他们开拔费，他们也许会自行离去，但是谁能保证他们在返程的路上饿极了不到处烧杀掳掠？所以必须要尽快筹措到一笔军费遣返他们，诸位都想想办法，此时刻不容缓！”
这段时间孙文和陈琪美这些同盟会的首脑人物们也认识到临时政府这个家不好当，真正不好当，劳心劳力不说，还不讨好，说不定背后还有人骂他们无能，可不是无能么，否则临时政府怎么会天天扯皮，正经事一件都没干？
面对这样一个烂摊子，这也是临时政府内部很多人都坚决要求南北议和，并由袁世凯来出任大总统一职的原因，孙文等人在这段时间内也是心力交瘁，对于孙文而言，只要共和了，他当不当这个大总统无所谓，而且他也发现临时政府财政窘迫是导致临时政府机构运转不灵的主要原因，可是他又没有钱，去哪里搞钱呢？他没有办法，在国外募捐这么多年也没有募捐到多少钱，这回国更是没带来一文钱，哪里还有办法去搞钱？还不如把这个烂摊子丢给袁世凯，只要清帝退位、老袁是真心共和就行。
散会之后，黄兴和萧震雷回到了陆军部，两人坐在办公室里喝着茶，黄克强问道：“寰宇老弟，对于昨夜之事，你有什么具体的解决办法？这件事情不能拖，越拖越对我们陆军部不利，必须要尽快拿出一个解决的方案公布出来”。
萧震雷何尝不知道这一点，但是这事急不得，必须要调查核实清楚，否则就成了滥杀无辜，他抽着烟思索了一会才抬头道：“黄总，我认为不能一竿子打翻一船人，更不能把所有参与暴乱的士兵和军官全杀了，我建议立即成立此次事件调查工作组，由蒋方震任调查组组长，直接向你我负责，立即着手对参与暴乱的军官和士兵进行调查，搞清楚是哪些人指挥和带队的，谁都在暴乱中杀人或者侮辱了妇女，调查结果出来之后，我们要遵循几个原则，第一，此次事件的主要人物一个都不能放过，不论牵涉到谁，犯事之人是谁的部下，都要一查到底，对于那些人的直接上级，我们还要追究他的领导责任，第二，凡是参与此事暴乱、并且杀过百姓或侮辱妇女的士兵和军官视情节轻重予以判决，杀了百姓的，一律要枪毙，主动侮辱妇女的，也要枪毙，不是自愿而是被同伴胁迫进行的，可以考虑酌情考虑减轻处罚，其他只是参与暴乱、并没有抢劫、杀人或者侮辱妇女的士兵和军官可以考虑进行劳动改造教育，等他们都有认识到自己的错误，并且有了悔过之心再释放，你认为如何？”