此时的机器还没有完全掌握文明进化与自我进化的真谛，而这种进化的基石就是人类的那颗完美的大脑，决定性的根源在于那颗大脑是一个量子级别的神经传导容器。于是机器开始进行残忍但是必要的人脑活体实验（见《黑客帝国动画版故事II》），但是可想而知，一个硅基的生命如何可以轻易模拟这神性的“随机”，于是，机器需要人脑一直存在，而且以机器的最大能力搭建一个人脑实验田——Matrix。这个实验田表面是在说需要的是人体的生物电能，其实他需要的是人脑以及神经中枢神经回路的传播特点与对神经活动的模拟，进而以此为基础实现机器文明的可持续进化，如果说Matrix的存在单纯是因为需要能量，以机器对物理世界的改造能力，风力，地热，甚至在黑云上方搭建太阳能电池都可以得到，再不济可以从普通具有低级知觉的动物身上搞到，何必选择人类这么一个会自杀、会殉道、会以身试法、会自相残杀、会因为观念不合或意识形态不合而屠戮千万同种族的物种来发电？另一个侧面说明机器对自身文明进化的需要，对于具有独立意识的机器或者程序人物的存在，机器智能都是容忍的，或者说是极其珍视地保存着他们，机器Boss对于文明萌芽充满了珍视与期待。
当无数智能程序都可以完美融入人类社会而不被人类发觉的时候，机器才真正可以取代人类代表地球文明进行进化。类似梅哥的例子的还有初期的Smith，与其他特工不同的是，他也明显有了自己的认知与判断。他们虽然都是自我觉醒的极端主义的代表，但是代表了一种智能延续的可能。于是，他们都被存活了下来。
器虽然已经占据了地球，但是他们还受限于硬件与软件条件，他们还不具备文明进化的能力，于是他们选择从地球的前主人人类那里学习。从人类的选择里，学习自我文明进化的源泉——一种神性的“随机”驱使下的多样化存在的可能与进化方向，学习基于一种非目的性的关联来创造具备“无用”特质的存在，学习一种对物质存在之外的东西认识与欣赏，学习一种高尚。
人类代表Neo代表全人类交上了史诗般瑰丽又悲壮的答卷，机器之父最终的动容，选择给了人类善终
可以看到Matrix中的视界是绿色的类似于数字信号构成的界面，现实中的视界是黄色的类似于模拟信号的界面。数字信号易于编程，容错能力强，可以支持稳定的高清晰度的影像，如当前的高清直播、蓝光资源都是数字信号，而Matrix中的虚拟人生需要地就是稳定的，抗干扰的数字信号保证。模拟信号的主要特点是技术处理比数字信号处理更简单，可以直接通过模拟电路组件（例如运算放大器等）实现，而数字信号处理往往涉及复杂的算法，甚至需要专门的数字信号处理器。模拟信号在现实世界中传递抗干扰能力弱，但是却很适合于支持“蚁群”这样的群体活动，因为首先是设备成本低，不复杂，虽然信号会干扰，但是并不需要逐人指挥，只需要有一个机器乌贼收到，所有乌贼都会听令。