虽然因为依靠元朝的黑历史，本来一枝独秀的全真道等派系开始衰落，除了全真七子的道统，其他南宗、五祖派等纷纷独立门户。但在太祖和成祖之后，明朝的历代统治者均一直奉行三教并用和对丹道的优宠政策，只不过是正一道的符箓、武当派的玄武取代了全真道的丹法，成为国家教科书罢了。关于道书的修纂，成祖虽十分积极，但终于功未就即崩殂。仁宗、宣宗相继嗣位，为期甚短，对此未暇顾及。及英宗朱祁镇即位，明代的统治由于经过数十年的经营，已海内富庶，朝野清晨，明英宗乃继承成祖遗志，于正统九年命邵以正督校，始重加订正，增所未备，刊板流布，至正统十年告成，共五千三百零五卷，称《正统道藏》，颁赐天下。
从太祖朱元璋奠定三教并用的基本政策开始，后继者均按照这一旨意行事。终明之世，朝廷对丹道羽士的尊宠起起落落，有时候颇甚于金元，亦不逊于两宋。有明一代，道士被授予真人、高士乃至赐爵封官者为数甚众。尤其在宪宗成化皇帝、世宗嘉靖皇帝当政期间，一些道士位极人臣，威福在手，恩渥终身，且其廕子孙，致使天下士大夫靡然从风。
其时丹道的社会影响之大，地位之高，前所未有。当然也有低谷，因为李广的牵连，儒臣对一切类似的丹道进宫苗头都是从重从快打击。明武宗朱厚照，也就是民间传说风头最劲的正德，历史上很有争议的一位皇帝，最能折腾的皇帝，也是惯用丹道、禅密充斥豹房的，所以他莫名其妙的落水死了。之后是明世宗朱厚熜，嘉靖皇帝很聪明，他虽然痴迷道教、但这位追求长生不老的皇帝学会了放权给儒臣。然后是明穆宗朱载垕，隆庆皇帝，节俭皇帝，太平天子，对儒臣言听计从。
天下本无事，天子垂拱而治，儒臣经略大明，遏制丹道，有黑历史的道门更是变成了逍遥派，明孝宗初，诏礼官议汰的情形再现。那一次，是将道士自李孜省以下真人、高士及正一演法诸道官一百二十三人，俱贬黜。真人降左正一，高士降左演法，追夺印章及诸玉器。道录司留正一等八员，余皆废黜。正一道遭了无妄之灾，幸好在地方，各府历来设道都，纪司，置正副都纪各一人，其中，正都纪从九品，让龙虎山势力苟延残喘。
隆庆年间，儒臣干脆鼓动天子，革张天师一系真人地位，止称提点。从此龙虎山一蹶不振，直到三百年后反而让全真道逆推，这是明太祖始料未及的。
天子平庸，儒臣内阁之间的权力斗争加剧。道门如履薄冰，相比之下，佛门因为有朝廷息事宁人的需要又东山再起，所谓天下名山僧占多，高僧讲经说法，自然要人杰地灵的所在，可惜前人占据了洞天福地，后来者自然把眼睛投向了那些无主之地……什么？已经有主了？那些全真道叛国贼余孽也配姓赵？
大明万历十三年，守望禅师这一脉的祖师，明朝四大名僧之一，憨山和尚想在崂山太清宫前修建一座寺庙，名为海印寺。憨山大师俗名蔡德清，字澄印，法号憨山。浙江全椒人，生于大明嘉靖二十五年公。他17岁于南京报恩寺出家，是幼年时即表现出其聪明智慧：十岁时阅读经史子集过目不忘，喜好诗词曲赋。出家后专心研究佛学宗义，在佛学研究上造诣很深，著述颇丰：著有《法华经通义》、《圆觉经直解》、《大乘起信论直解》、《观楞伽经记》、《金刚决疑》、《肇论略注》、《八十八祖真影传赞》以及《中庸直指》、《老子道德经注》、《庄子内篇注》等经卷十余种，涉及佛、道、儒三教，其门徒还汇编了《憨山梦游集》五十五卷、《憨山语录》二十卷。
憨山大师佛法不可谓不深，他主张禅宗与华严宗融合，并倡导佛、道、儒三教合一，为当时达官贵人们所赞同。万历初年游历首都，被举荐为李太后禳寿祈福，受到太后恩宠。万历十一年，憨山游历至崂山，欲在那罗延窟扩建寺院，因受到地域限制不得不另寻他处。万历十二年他见太清宫萧条凋敝，遂生取代之意。和尚四大皆空，却看不破身后传承，可谓贪念一起，便入魔染。
中国的名山大川，福地洞天，基本上都被神仙霸占着。崂山也不例外。道教在此圈地以后发展得很兴盛，《射雕英雄传》里的丘处机，《倚天屠龙记》里的张三丰都在崂山修炼过。人们都认为在崂山里面住着神仙，所以给这个地方起了个外号：神仙之宅，灵异之府。斯时，崂山太清宫本来的主人早已成了全真道，可是全真道做初一，佛门做十五，万历十三年，憨山耗巨资在太清宫门前修建佛门寺院“海印寺”，从而引发了一场佛道两教的争地官司。
李太后却是妇道人家，信奉擅长超度的佛门，她得知憨山想在太清宫前修建海印寺，派后宫嫔妃出资帮助憨山建寺，风向标一处，自然一路绿灯。明万历十八年，海印寺落成，它矗立在太清宫前，以其雄浑的气势将太清宫遮挡个严严实实，并与太清宫形成了佛道对峙的局面。