按照主流科学解释，大脑的“本能的五感”包藏在大脑底部，控制着自律神经与波动共振等，和潜意识有关。但一般人大脑的五感，都受到理性的控制与压抑，因此很难发挥即有的潜在本能。在人清醒的时候，它便分别代行“第八识”、“第七识”的权能而起思维的作用。如果进入睡梦的时候，它就发起“意识”反面的潜在功能，不需“前五识”的现场工作，只凭借“前五识”原本收集的资料，就可生起“独立”的潜在作用。
因此，唯识学把“无垢识”的这种潜在功能，名为是阿赖耶识所藏的“无漏种子”，是人身真正的“自我”，可以脱离“前五识”而单独活动。它活动的最显著的范围，归纳起来有三种情况：即一作梦时。即二神经病、精神病，乃至因其他的病症而进入昏迷的情况时。即三禅定中某种境界时。所以从唯识学的立场来看，现代心理学所了解的“潜意识”，以及“第六感”等，仅是知道了“无垢识”的作用。知道活用大脑，可以具有听音辨色，或者浮现图像、闻到味道等“共感”现象。譬如将收到的信息以图像处理，瞬间即可完毕，在最强大脑什麽的舞台上一试身手。
古代修持者没有那么多花花肠子，他们只是凭着经验主义，通过苦行、“入静”等心理训练“排除显意识”，千百年修持不辍，终于铁树开花，得到了类似的突破。虽然那些修持境界听起来荒唐不经，但我却是半信半疑，不仅是因为我已经一只脚踏入了修持门槛。也因为这些佶屈聱牙的东西，居然和现代心理学严丝合缝的很。譬如潜意识，不是什么高大上的东西。却与人类社会息息相关。人类皮质脑的发育时间较迟，是造成许多负面和不良后果的程序，写入潜意识的其中一个理由。潜意识不仅是感觉的来源，更足以透过经验建立价值系统，而这样的经验，是对情绪模式造成影响的经验。当大脑的情绪部分，在早期发育阶段时，我们没有理性、成熟的显意识，去过滤负面程序，或是选择成人后所需要的正面程序。
更糟的是，我们没有感觉到这些负面程序的存在，因为这些程序在年幼时写入，当时我们因为年纪太小，以致于没有留下任何显意识的记忆。如同少儿时，父亲发怒导致的恐惧反应和老师当众的批评、挖苦所产生的羞辱反应在每个人的心灵深处留下了负性心理印痕。这种印痕会由于日后的负面生活事件而被激活，对心理障碍的产生和发展起作用。在与同学相处中感到“好心未得好报”，反被误解，恶意相待，于是委屈、怨恨、愤激；又由于心理防御机制的作用，这些挫折反应在潜意识中被转换为对同龄人的压抑的敌意和回避反应，导致产生了泛化心理现象，即由对某一人的敌意、回避发展为对周围的人都产生了戒备心和回避反应；另一方面，自责、自怨加重了校园暴力受害者性格中的羞耻心和胆怯。所以，人际矛盾这桩负面生活事件是导致每个人对人恐怖的直接的、现实的诱因。
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长大之后，我们在生活中也无时不在接受着外界的意识暗示，比如，电视广告对购物心理的暗示作用。广告的影像、声音都具有强烈的暗示性。人们看电视时，都是东看看西看看，是一种无意的行为。在无意中，人们缺乏警觉性，这些广告信息会悄悄地进入人们的潜意识。这些信息反复重播，在人的潜意识中积累下来。当人们购物时，人的意识就受到潜意识中这些广告信息的影响，左右你的购买倾向。比如，当你对两个品牌的东西拿不定主意时，多半会选择那已经进入潜意识中的品牌，所以当我们回到家，再注意到当初的选择时，感到莫名其妙。这就是我们经常会乱买东西的一个原因。而历史上西班牙人毁灭玛雅文化的过程如此决绝，毫不留情，据他们自己的说法，主要原因是认为玛雅人的土著文明太像魔鬼所为。其实，也许是潜意识里也暗自惊异于玛雅文明中完善的知识体系、文化的奇特和高度发达，令他们自身强势文化的存在感觉到威胁。对于《圣经》的崇拜者而言，属于一种酸葡萄心理，本能反应的羡慕嫉妒恨。
不止如此，潜意识更反过来潜移默化、约定俗成，成为了我们人类社会的道德律，譬如对男女大防的因循，不止是因为所谓封建礼教的毒害，而是出于女性潜意识里面对男权社会的防备心。父母辈对女子交往中的禁忌以及灌输的与男性来往的“羞耻感道德意识”，使女孩子的性格中形成了较强的羞耻心，这对人际交往起着阻碍作用。从理论上讲，女性的这种恐惧感是消除不了的，因为它深藏在女性的潜意识之中，正值青春期的女孩子，一方面有着正常的与异性接触的愿望；另一方面女孩子已经内化了的关两性来往的“羞耻感、道德意识”，有意无意地使女孩子批判自己的想法，抑制自己的欲望。因而，女孩子常常处在一种是否与异性之间交往的心理冲突之中。而害伯、羞于见男生这种病态反而减轻了女孩子的这种冲突。从心理学角度说，这种恐惧感积淀了人类多少年以来所有繁衍行为的历史。再从另一方面说，消除它也没有好处，这种恐惧感对于未婚少女的自我保护意识起到了积极作用。
为此，人类几千年来都在寻找趋利避害的法子，而在现代科技诞生之前，人们必须看破迷雾获得真实，所谓丹功，在那些神佛故事之下，实际上是一项排除显意识，净化潜意识，开发元意识……或者说元神的人体系统工程，是探索脑科学奥秘的心理试验程序。换句话说……潜意识透过情绪建立价值系统，而显意识则透过理性分析经验，建立价值系统。因为两者间天大的差异，所以这三个脑往往各自运作，或存在冲突。表面上，显意识控制自主功能。例如，我可以有意识地举起或放下我的手臂。我可以走来走去，这些都是有意识的活动。但显意识有个重要特性，就是一次只能做一件事。显意识无法一次做两件事譬如射雕英雄传的左右互搏。某些人可能会反驳，认为自己可以同时阅读和看电视。如果你真的在某一刻意识到你当下正在做的事，你会发现自己不是在阅读，就是在看电视。同时做两件事，需要在两件事间快速转换。所以，虽然我们的灵光一闪具备的处理能力，比任何计算机都强大，不过，用计算机打比方，阳神并未使用监控反馈系统和阴神连在一起，也没有加装让大脑达到优化运作的控制电路……功诀。
古代人认为这是昙花一现，但我却见到这是以潜意识进行自我暗示来修持的新路。因此，我的阳神，就是显意识，尽管可以分析问题，产生理性解决方案，却对阴神，就是受非理性感觉掌管的潜意识的运作情形，却一点概念都没有。这就是我目前问题的关键所在。阳神和阴神沟通不良，会造成很多日常生活的问题。
例如，阴神会不理会阳神的控制系统，却小题大作，任凭闷在潜意识内数十年的情绪恣意爆发，而我目前运作的阳神，仅管拥有力量和能力，也知自重，但潜意识却持续扯显意识后腿，开启孩童时期写入的负面程序，以无效不当的反应，响应人生的挑战。我想用围困强行渗透的方法根本行不通，怎么办呢？除非有能力困住失控的阴神，那么现在有这个能力的除了阳神还有谁呢。对了，我可以用阳神化形将阴神整个的包住，然后再将阴神里面的失控的阴神能量给吸纳进到阳神里面同化掉，这样的话就万无一失了。我再次进入阳神来到了上丹田，为防万一，我还特地将八个能量球摆出强力匀强磁场来封住阵里面的阳神和阴神，这样最多会损耗掉部分能量而已，起码可以保证能量不会突破匀强磁场的控制。