“来同文馆的人一直都少，这些日子过了这么久，才招了几十个人，都是些落魄的小官和八旗的荫官，实在是可恼。开始招生时，某位翰林对人说：‘你如赴考，便非我辈，将与你绝交。’可见士林纷扰，人心未齐，”恭亲王微微自嘲，“如今我又得了个鬼子六的称号。”
奕訢与倭仁争论过后，一些人仍在背后攻击奕訢“以夷变夏”，骂他是“鬼子”、“鬼子六”、“六洋鬼子”，骂他主管的总理各国事务衙门为“鬼使”。还有一些人撰写了这样的对联：“诡计本多端，使小朝廷设同文之馆；军机无远略，诱佳弟子拜异类为师”，予以冷嘲热讽。更有人散布流言飞语，说什么“胡闹！胡闹！教人都从了天主教。”
周祖培的西席，海内名士李慈铭也在日记中极其不满地写道：今年开同文馆，“选翰林及部员之科甲出身、年三十以下者学习行走，则以中华之儒臣，而为丑夷之学子，稍有人心，宜不肯就，而又群焉趋之。盖学术不明，礼义尽丧，士习卑污，遂至于此。驯将夷夏不别，人道沦胥，家国之忧，非可言究。朝廷老成凋谢，仅存倭公（倭仁），然谋钝势孤，无能匡正，而尚见嫉于执政，龃龉于宫廷。”
太后虽然有着准备，可未曾想到阻力会如此之大，太后讶然：“怎么会这样？实在是可恶，”随即安慰恭亲王，“六爷不必烦恼，不遭人嫉是庸才，些许虚名，咱们这个位置还需要这些玩意嘛？无需理会了，洋务之事，只要本宫在一日，就一定要推行下去，”慈禧太后斩钉截铁地说道，“军机处拟道旨意，要说明：‘中学为体，西学为用’，用来安定人心，此外，也要明确表示，洋务之事，绝不动摇。”
“是。”恭亲王听到太后的意思，心里的一块大石不由得轻飘飘落下，神色随即轻松了许多，“可同文馆之事，实在是难以料理，军机处想了个法子，明年恩科在即，不如让恩科进士一律进同文馆学习些日子，以表示朝廷看中同文馆的意思。”
“这倒是可以。”太后想了一番，点点头，“怎么去，那些人去，去多久，主要学些什么东西，这都要一一定好，六爷你再上折子，明发。”恭亲王应下，太后又想到，“可恩科又要到明年才录，这时间耽搁下来，黄花菜都凉了，这个可以作为日后增援之用，却不能做开始的一炮，凡事若不是先声夺人，这气势必然会被压下去。”太后沉思半刻，却也想不出来什么方法，难不成要用行政命令强制人去报名不成？若是这样，那岂不是强按牛喝水了，这完全不符合自己春风化雨、润物无声的执政理念，太后想不出来，也就放弃了，“这事儿，先搁着，就等过几日再说吧，六爷你若是有什么好法子，再告诉我就是。”