郑军从禾寮港登陆扎营后，即遭到赤嵌城荷军的炮击。同时，荷军又放火焚烧马厩、粟仓。
郑成功“恐被焚烧粮粟”，派杨英等率军前往看守堵御，接着，郑成功调整了部署：命令左虎卫王大雄、右虎卫陈蟒率领统船控制鹿耳门海口，以便接应第二梯队登陆；令宣教前镇陈泽率兵防守北线尾一带，以保障主力侧后安全，并置台湾城荷军于腹背受敌的境地，另派兵一部监视台江江面，切断赤嵌城与台湾城的联系，为从海、陆两面打败荷兰侵略军的反扑作好了准备。
四月初三，在北路发生了北线尾陆战。
北线尾是一个不到一平方公里的沙洲，南端与台湾城相对，北端临鹿耳门航道。
荷军贝德尔上尉趁郑军刚刚登陆，率领二百四十名士兵，乘船沿台江岸边急驶北线尾，上岸后即分两路向郑军反扑。
贝德尔指挥荷军以十二人为一排，疏开战斗队形放排枪，逼近郑军。
陈泽率大部兵力从正面迎击，另派一部分兵力迂回到敌军侧后，夹击荷军。
荷兰文献记载：郑军“箭如骤雨，连天空似乎都昏黑起来”。
贝德尔发现自己腹背受敌，手足无措。他所指挥的荷军士兵的勇气，这时则完全为恐惧所代替，许多人甚至还没有开火便把枪丢掉了。他们抱头鼠窜，落荒而逃。郑军乘胜猛攻，将荷军“一鼓而歼”，“夷将拔鬼子战死阵中，余夷被杀殆尽”。
南路增援赤嵌城的荷军，也被郑军战败。
这支二百人组成的援军由阿尔多普上尉率领，乘船沿台江南岸驶往赤嵌城，企图为猫难实叮解围。
郑成功发现后，立即出动“铁人”军还击。他们双手挥舞大刀，奋勇向荷军砍去。
二百名荷军士兵，只有六十名爬上岸，当即被“铁人”军消灭。
阿尔多普率残部逃回台湾城。
阿尔多普出援失败，赤嵌城守敌越发着急。
猫难实叮派人前往台湾城，要求揆一再派百余人救援赤嵌城。评议会研究，台湾城的处境危险，兵力不足，“如果再派出一支援军，则用以保卫热兰遮城堡及其周围地区的全部后备军将不足五百名。而这支队伍又是战斗力最弱、最缺乏作战经验的士兵所组成的，所以决定拒绝普罗文查要塞司令的请求”。
郑成功随即加紧对赤嵌城的包围。
该城周围45丈，高3丈6尺，城墙上有4座炮楼。
四月三日，郑军的士兵在赤嵌城外抓到了猫难实叮的弟弟和弟媳。
郑成功对他们讲明利害，令其回城，劝说猫难实叮投降。
郑成功接着，又派部将杨朝栋和翻译吴迈、李仲前往劝降，表示绝对不会加害他们，并允许荷兰人带走自己的财产。
四月四日，赤嵌城的水源被台湾人民切断。
猫难实叮见援兵无望，孤城难守，不得不挂白旗投降。
就这样，郑成功在登陆后第四天，就收复了赤嵌城，接下来，他只要收复了台湾城，就可以成功收复整个台湾了！