赵惇有了这样的担忧之后，别有用心的李凤娘和宦官们，就不断离间挑拨，使得赵惇更加恐惧，想着对赵昚动手。
赵昚岂是容易对付的？他虽让位，名望犹在，令赵惇不敢轻易出手。
既不敢出手了，又心存恐惧，这样一来，赵惇的心理和精神压力越来越大，终于导致了他无端猜疑和极度偏执的症状。
他视赵昚住的重华宫为畏途，不再定期前去问安，尽可能躲避着赵昚。
他这个做法，自然是于礼不合，天子孝行有亏，臣子们自然要劝谏。
臣僚们的这些言行，更激起赵惇的固执与疑惧，终于引发历时数年的过宫风波。
所谓过宫，就是去重华宫拜见赵昚。
赵惇疑惧之下，病情加重，最大的祸首，实际上是李凤娘。
她生性妒悍，又有着强烈的权力欲。一方面，她独霸后宫，不允许任何女人与她争宠，赵惇对此只有忍气吞声，抑郁不乐；另一方面，她视赵昚夫妇是她皇后地位的最大威胁，想方设法离间孝宗、光宗父子，从很大程度上加剧了赵惇的病态心理。
在过宫问题上，有些大臣对赵惇的进谏晓之以理、动之以情，赵惇有时也似乎被打动，当时答应了过宫。但一入后宫，就会在李凤娘的操控下改变主意，最终也未能成行。
一次，赵惇在谢深甫等大臣的苦谏下传旨过宫，即将出发之时，李凤娘从屏风后走出来，挽他回去，中书舍人陈傅良出班拉住赵惇衣襟，一直跟随至屏后。不料却遭到李凤娘的呵斥，陈傅良只得大哭而出。
宗室赵汝愚是赵惇较为信任的大臣，对于他的劝说，赵惇也是反复无常。
赵惇的病情不断地恶化，人也更是喜怒无常，政局也开始动荡不安起来。
群臣们再也无法容忍了，他们决定要拥立新皇帝！
这时候，赵昚已经去世，在朝廷中，有权力的就是李凤娘和太皇太后吴氏。
大臣们知道李凤娘想垂帘听政，如果再不行动话，皇帝一驾崩，李凤娘立即拥护小皇帝，然后开始她的垂帘听政！那样一来，政局将更加动荡不安！
绍熙五年，公元1194年七月，赵汝愚、韩侂胄等人在获得太皇太后吴氏的支持下，拥立嘉王赵扩登基，是为宋宁宗。
宋宁宗登基后，尊宋光宗为太上皇，皇后李凤娘为寿仁太上皇后，移驾泰安宫。
赵惇昏昏迷迷的，哪里知道政权已经交接？当他知道后，当下拒绝接受宋宁宗赵扩的朝见，依然住在皇宫之中，不肯搬到为太上皇预备的寝宫里。
他对于失去皇位的担心终于应验，病情因此又加重了。与他一同失势的李氏一反常态，对宋光宗不再像以前一样咄咄相逼，反而有同病相怜之心。她惟恐触动闸墩脆弱的神经，常以杯中之物来宽解赵惇心中的郁结，还反复叮嘱内侍、宫女，不要在赵惇面前提起“太上皇”和“内禅”等敏感字眼。
庆元六年八月庚寅日，公元1200年9月17日，赵惇在寿康宫去世，享年五十四岁，后葬光宗于永崇陵。
这个赵惇，别说他有病，就是没病，以他的多疑，以他的无能，照样不能当成优秀的皇帝。