这时，镇西将军、南豫州刺史侯安都说：“如今天下未定，没有时间犹豫不决，临川王对社稷有功，应当共同推举他即位。”说完按剑上殿，禀告宣皇后拿出玉玺。
宣皇后在这种情况下，只得让陈蒨在太极前殿即皇帝位，是为陈文帝。
天嘉元年，公元560年二月，高州刺史纪机在军中反叛朝廷并回到宣城，占据宣城，响应反叛的王琳。
陈文帝忙派遣太尉侯瑱，在梁山击败王琳，而且在博望击败了入侵的北齐军队，生擒北齐将领刘伯球，将齐兵的船舰和物资全部截获，俘获了数以万计的敌军士兵。
王琳和萧庄北逃齐国，成为了北齐的臣子。
天嘉二年，公元561年正月，合州刺史裴景徽叛逃投奔北齐。同月，北周湘州城主殷亮投降陈朝，湘州被平定。
四月，武陵、天门、南平、义阳、河东、宜都各郡都被陈文帝平定。
十月，霍州的西山蛮率领部落归属陈朝。
十一月，高丽国遣使向陈朝贡献方物，表示对陈朝正统地位的肯定。
同月，陈文帝以武昌、国川两地归属竟陵郡，以安定流民。
同时，派吴明彻平定了王琳的反叛。
天嘉四年，公元563年正月，割据临川郡的周迪在陈朝的打击下弃城而逃，逃到了闽州刺史陈宝应处，临川郡的叛乱被陈文帝平定。
同年七月，周迪卷土重来，再次兴兵攻打临川，陈文帝命护军章昭达率领大军前往征讨。
十一月，章昭达大破周迪的军队，将其党羽全部擒拿，唯独周迪一人逃出重围。
十二月，陈文帝宣布大赦天下。诏护军将军章昭达进军建安，讨伐闵州刺史陈宝应。次年十一月，章昭达在建安大破陈宝应的军队，生擒陈宝应和东阳郡的叛匪留异，擒送京师，晋安郡被平定。
可以说，陈文帝统治期间，最大的贡献，就是消除了内乱。
天嘉六年，公元565年，文帝为皇太子伯宗进行元服之礼，封骠骑将军、扬州刺史安成王陈顼为司空。次年，加封陈顼为尚书令。
陈文帝授予陈顼重权，也导致他死后安城王陈顼擅政，并为篡夺陈伯宗的皇位埋下了伏笔。
公元566年，四月二十七日，陈文帝病重，当日在有觉殿去世，时年四十五岁，遗诏皇太子陈伯宗继承帝位，但所有大权落入陈文帝的弟弟陈顼的手中。
陈文帝在遗诏中写道：“王业艰难，连年战争，百姓多难，不忘谨慎。现在国家安定，教化未行，我便要长辞人世，真是遗憾九泉啊！”
通过他的遗诏，可以看出来，他是个非常关心国家和百姓的君主，因为，他临死了，牵挂的，还是国家与百姓。
他自己也是非常勤政的，徐陵的《陈文帝哀册文》中记载，说陈文帝“勤民听政，旰衣宵食。”也就是说陈文帝处理朝政十分勤奋，每天天不亮就穿起衣来，时间晚了才吃饭，成语“宵衣旰食”也由此而来。
史学家们对陈文帝的评价也极高，姚思廉的《陈书》中评价他说：“世祖起自艰难，知百姓疾苦。国家资用，务从俭约。常所调敛，事不获已者，必咨嗟改色，若在诸身。主者奏决，妙识真伪，下不容奸，人知自励矣。一夜内刺闺取外事分判者，前后相续。每鸡人伺漏，传更签于殿中，乃敕送者必投签于阶石之上，令枪然有声，云‘吾虽眠，亦令惊觉也’。始终梗概，若此者多焉。”最后一段，也是说陈文帝的勤政，他每天晚上令人天不亮就投签在石阶上，发出声音，把陈文帝吵醒，他自己也说“我虽睡觉，也会被惊醒。”
不过，也有可能是他的勤政，导致四十五岁就去世了。
虞世南对陈文帝的评价就更高了，说他：“文皇聪明睿知，纂承洪绪，群贤毕力，宇内克清，爵赏无偏，刑罚不滥，政事明察，莫敢隐情。国史以为承平之风，斯言得之矣。”
陈文帝早期立下战功，自然是一等一的人才；他当了皇帝之后，消除内乱，也是极大的功劳。但是，晚期重用陈顼，导致儿子的皇位不保，不能不说是他的过错。
所以，他是一位合格的皇帝，却并非史学家说的那样神武，距离英明神武，聪明睿智，还有一些距离。