在攻击中幸存的人们开始设法逃生，总统在千钧一发之际和戴维等人离开了首都。总统和戴维博士一行来到了代号为51区的罗斯韦尔基地。在那里，科学家们一直在研究一艘于50多年前坠毁的外星人飞艇。但由于国防部长个人的政治野心，总统却对此一无所知，从而未能极早预防惨剧发生。
戴维想出了利用电脑病毒使外星人的保护力场失效的方法。在修复了那架50多年前的飞艇之后，史蒂文要驾驶飞艇和戴维一起混进外星人的母舰。与此同时，美国也向世界各国的残存军队发出了总反攻的信号。史蒂文和戴维成功地闯入了外星人的母舰并输入病毒，解除了外星人的保护力场。总统亲自驾驶飞机与外星人作战。史蒂文和戴维将一颗核弹射入了外星人母舰的中心，并在千钧一发之际逃出了外星人的母舰。
外星人被打败了，戴维和史蒂文安然归来。人类终于大难不亡，在最后的关头消灭了外星侵略者。在一片废墟上，人类将开始重建家园。
独立日世界的土著，也是发生了神奇的事情的。比如一个是老迈的退役后变成酒鬼的飞行员，驾驶战斗机叫骂着冲向外星人母舰，另一个是美国总统在7月4日早上代表他们人向外星人发出宣言。
《独立日》世界出现了这样一句话。早上好。一小时之内，这里的战机将与世界其他地方的战机联合起来，进行一场人类历史上最大规模的空战。人类，这个词对于今天的我们而言，已有了一个全新的含义。我们不能再因为彼此间微不足道的差异而无谓消耗。我们应该为我们共同的利益而团结起来。
也许是命运使然，今天是7月4日，你们将再一次为我们的自由而战，不是为了摆脱暴政，压迫和残害，而是为了我们继续的生存。今天，如果我们赢得这场战争，7月4日就将不仅仅是人们熟知的一个美国节日，而将成为这样一个日子，全世界用同一个声音宣布“我们不会就此无声无息的步入黑暗，我们不会就此放弃斗争而走向消亡。我们将继续活下去，我们必将继续生存。就在今天，让我们庆祝我们的独立日！
秦天正在默默的思考着一切，比起《机械公敌》世界来到，他们面对的也是强大的外星人，所以才能明白那些至关重要的下去是什么了。
“老板，这次来说，我们面对的敌人是相当的强大的，比起世界之战世界更加危险了。”天网苦笑的看着秦天说道，对于这些问题他也是相当的明白的。
“强大没有什么，天网，要知道我们面对的敌人一直都比较强大，所以这些根本不是什么问题的。”秦天看着天网，笑了笑说道，对于这样的情况他也是知道的，不然也是不可能面对这样的情况了。
秦天看着天网开导的说道，要知道秦天面对的敌人每一个都是相当的强大的，所以才是他们思考的问题了，面对这样的敌人也是他们想不到的情况了。
“好了，最重要的是我们应该强大起来，其他应该都是不怎么重要的。”秦天看着天网严肃的说道。
“恩，我知道了，老板。”天网看着秦天，严肃才说道，所以才是他应该考虑的情况情况了。
“对了，这次使用世界之战得到的科技，让那些外星人看看我们的厉害了。”秦天看着天网严肃的说道，一点都没有开玩笑才样子了。