和通天教主分别没有多久，后土祖巫和玄冥祖巫就在秦卓的邀请之下，和秦卓一起参悟通天教主留下的那一团元神了。
三位祖巫心里非常的清楚，祖巫的力量虽然足以傲视三界，但是在面对圣人级别的高人的时候，是没有多大用处的。而巫族真正的对手，不是道门或者佛门，也不是所谓的三界共主天庭，而是隐藏在幕后的几位圣人。
为了增加和圣人对抗的本钱，也为了增加面对圣人时生存的机率，三位祖巫抓住一切机会，全力提升自己的实力。这次通天教主留给秦卓的那一团元神，就是一个机会，一个可以让祖巫突破原有境界的机会。
秦卓干脆领着两位祖巫进入了自己的世界之中，这里不易受人干扰，而且修炼环境也非常的不错。
在进入修炼之前，秦卓根据吸收的十位祖巫的意识碎片，获得了十位祖巫的部分记忆。而后土祖巫和玄冥祖巫经过这些年来的查访，以及她们当年所获得消息。在参考了秦卓所获得的祖巫记忆之后，三人终于对当年洪荒时期巫妖大战的具体情况，全部弄得一清二楚了。
原来，当年在洪荒年间，妖族建立天庭，号称统治三界。而巫族独霸大地，并不遵从妖族天庭的号令。巫族和妖族，两族的势力正处于最为强盛的时期。
所谓的物极必反，盛极而衰，巫族和妖族发展到全盛时期的时候，也是他们气数将近之时。当然，如果没有圣人在背后推动，巫族和妖族也不会衰败的如此之快。
三清圣人之中的太上老君和元始天尊二人，顺应天数，认为巫族和妖族气数将近。为了尽快让人族上位，他们二人暗中算计，加速了巫族和妖族的灭亡。
而在这个时候，神族之中木族之主东王公，为了恢复神族昔日的荣光，也暗中在巫族和妖族之间兴风作浪。
在神族的全盛时期，巫族和妖族都只是二等种族，神族才是天地之间的无上霸主。抱着这种想法的东王公，不顾另外一位神族大佬——金族之主西王母的反对，开始了自己的计划。
东王公先是故意和妖族至尊东皇太一交好，获取他的信任。以东王公的身份和实力，很容易就做到了这一点。个性偏激的东皇太一将东王公引为至交之后，不顾妖族圣人女娲的警告，基本上完全信任了东王公。
然后东王公又利用各种关系，暗中挑拨十二祖巫之间的关系。十二祖巫本来大都是脾气火爆之辈，彼此之间相处了这么久，在各方面都多多少少有一点矛盾。被东王公这么一挑拨，积累多年的矛盾完全爆发了。
反目成仇的十二祖巫之间，展开了一连串的大战。即便是以十二祖巫的强悍，在如此激烈的争斗之中，大多数都身负重伤。而十二祖巫手下的那些大巫们，虽然不敢参合进祖巫之间的争斗，但是他们彼此之间，因为附属于不同的祖巫，自然也分出了阵营和立场。于是，随着十二祖巫的分裂，巫族内部也开始出现了许多的争斗。
知道巫族因为内耗实力严重受损之后，东王公觉得火候差不多了。他一方面在东皇太一面前，挑拨巫族和妖族的关系，制造矛盾。另一方面，他暗中派出手下，在巫族和妖族之间制造出无数的争斗的。
号称统领三界的妖族，对称霸大地的巫族，本来就是充满了戒心。双方之间的关系，平日里本来说不上有多么的融洽。再经过东王公这么一从中作梗，两族之间的紧张局势，到了爆发的边缘。
终于，在某一天，真正的大事发生了。在东王公的暗中撺掇之下，东皇太一的十个儿子，妖族十位金乌皇子，到大地之上游玩。
十位年幼的金乌皇子，一点都不懂事，根本不知道收敛自身的力量。随着他们的到来，大地之上升起了十个太阳，散发出无穷无尽的光和热。一时之间，河流干涸，大地裂开，赤地千里，生灵涂炭。生活在大地之上的生灵，有无数因此丧生，其中就包括了不少巫族的族人。
当时的巫族族长正是脾气火爆、嫉恶如仇的大巫后羿，生性护短的大巫后羿眼见族人受到伤害，哪里还能够坐的住。他根本就懒得在乎十只金乌的身份，直接就大开杀戒了。手持射日神弓的他，轻易就射杀了九位金乌皇子。
最后一只金乌被吓坏了，不但报出了自己的身份，还苦苦哀求，求大巫后羿饶过自己一命。大巫后羿还是看在妖族至尊东皇太一份上，才留最后一位金乌皇子一命。
知道此事之后的东皇太一，可是彻底的震怒了。大巫后羿认为自己给够了东皇太一的面子，但是在东皇太一看来，这可是赤裸裸的向妖族挑衅。有了这次的事件作为导火线，巫族和妖族的全面大战，开始爆发了。
两大强力的种族的全面战争，真正的是杀得天昏地暗，日月无光。两族伤亡无数，血仇越结越深，战事越演越烈，双方投入的力量也是越来越大。到了这个时候，就算是两族的族长，都没有能力阻止战事的进一步扩大了。
自以为得计的东王公，却万万没有想到，自己早就落入了太上老君和元始天尊的算计之中，成为了他们的工具。东王公所做的一切，不但两位圣人一清二楚，而且两位圣人还在暗中推波助澜。否则，东王公的行事，不可能有这么的顺利。
此时，妖族的圣人女娲，对巫族和妖族大战的前因后果，一清二楚。她虽然有心阻止两族大战，却遭到了两位圣人的阻挠。刚刚才成为圣人的女娲，面对圣人之中的最强者太上老君及其师弟元始天尊的强硬态度，实在是顾忌不已。而且两位圣人抬出了天道来教训女娲，说两族的劫难是天数如此，非人力所能挽回。
最终，势单力孤的女娲，在两位圣人面前退却了，不得不保持沉默。自此以后，女娲紧闭女娲宫的宫门，不再过问外事。对巫族和妖族两族的大战，根本置之不理。妖族以后的命运，也被她抛之脑后。
当然，她毕竟是妖族一员，最后还是为妖族的命运尽了一份心力。她暗中极为隐晦的提醒了东皇太一几句，没有想到，刚愎自用的东皇太一，根本不理会她的良苦用心，反而因为女娲不愿意参加巫族和妖族的大战，对她愤愤不已。
当时，巫族之中的玄冥祖巫和后土祖巫，也是比较理智的人。她们觉得两族大战继续下去，只会让两族两败俱伤。她们二人和女娲有着不错的交情，因此亲自前往女娲宫，希望女娲能够出面，阻止两族的大战。
两位祖巫从女娲嘴中，知道了太上老君和元始天尊插手此事的真相，也知道了女娲的苦衷。大惊失色的两位祖巫，迅速向女娲告辞。为了避免路上出现意外，两位祖巫分两路赶回族中，务必要让其他祖巫知道事情的真相，阻止两族大战的进行。
可惜的是，两位祖巫的行为都落在了两位圣人的算计之中。太上老君和元始天尊分别出手，在半路将两位祖巫拦住，将她们牢牢的封印住了。两位祖巫得到的信息，自然无法传回族中。自此，巫族和妖族的命运，已经基本上注定了。
巫族和妖族大战的结果，正如秦卓所知的那样，最后十位祖巫杀上了妖族的天庭。东王公眼见十位祖巫如此厉害，在关键时刻临阵脱逃了。东皇太一和十位祖巫同归于尽，妖族天庭破碎。此后，妖族基本上灭族，而巫族也开始迅速衰落了。
而在那之后，就是道门慢慢兴起的历史了。道门选择了支持当时还很弱小的人族，随着人族的崛起，道门也是越来越兴盛。
当三位祖巫交换了彼此知道的信息之后，对当年的真相都有了一个明确的认识。后土祖巫和玄冥祖巫经过这些年的磨难，再也不像当初一样，只知蛮力，对天数一无所知了。对于冥冥之中的天道，也有了朦朦胧胧的理解。
玄冥祖巫恶狠狠的说道：“太上老君和元始天尊二人，上承天数，要大兴道门，本来也是天道注定。可惜他们不该以我们巫族为棋子，让我们巫族付出如此惨重的代价。十位祖巫身陨，无数族人惨死。他们造下这样的罪孽，难道不怕天道好还吗？”
后土祖巫也幽幽的叹道：“已经注定的天命，虽然难以抗拒，但是并非无法逆转。如果我们当初能有圣人一样的神通，未必不能逆天改命，在那天道之外，为我族寻的一线生机。”
“可惜，莫说是当年，就是如今，我们距离圣人那般的神通，也还天差地远，遥不能及。我们十二祖巫当年只为追求强横的力量，不通推算天机之道，本来就走上了修炼的歧途。和我们同源而生的三清，却能拜在道祖鸿钧门下，得传无上大道。我们之间的差距越来越大，越来越难以弥补。”
秦卓在一旁安慰道：“你们二位，也不用为当年的事情太过伤感。形势比人强，当初妖族的女娲不也是圣人吗？可是面对强势的太上老君和元始天尊，也不得不保持沉默，坐看妖族灭亡。”
“而且，所谓的算人者，人恒算之。太上老君和元始天尊如此精于计算之道的高人，在封神大战之后，也未能够阻止佛门的趁势崛起。道门三清的彻底决裂，给了西方教一个天大的机会。今时今日，佛门的势力，已经不在道门之下了。”