后世的某些人，对于中国文明的起源，一直抱有动机不纯的质疑。认为中国古文明并不是原产于华夏，而是由其他三大古文明的后裔迁移至此，不是独创，而是继承。
中国古文明的起源，就中国人而言，可以很明确的追寻到三皇五帝。然后是夏商周一路继承，数千年以降，直到后世。被奉为中国最早史书的《尚书》，可以将中国的历史记载，追溯到尧舜时期。虽然，后世流传的《尚书》也有真假篇目之辩，但是，即便是伪造的《尚书》篇目，其创作时期，也在魏晋南北朝时期。此时，还有许多后世已经失传了的资料，作为仿造《尚书》的参考。所以，虽然有的篇目是假，但不能认定史实就是假。
然而，后世的考古学家并不相信单纯的文字记载。考古最注重的，就是实证。到后世，许多国外甚至国内的考古学家和人类学家，都在质疑中国夏商周的历史，是否真实存在。在欧美各学派中，有许多学者认为中国“东周之前无历史”。因此将中国的文明史开端定在了东周。直接将中华文明传承的时间减掉一半。
而在此谬论下，又有许多心怀叵测的学者提出中国文明起源于西方。如果这种学说成立，中华数千年文明传承，和中国人对于自己传统文化的坚持，便成了一个笑话。
不过，真的假不了，假的真不了。且不说中国的文字语言与传统习惯与西方文明截然不同，只是后世，包括从民国开始不断出土的文物，就可以将中国文明始于东周，和中国文明始于西方的两种谬论给击倒。
经过仪器对出土文物的检验后，完全可以判定商朝的甲骨文和青铜器，以及周朝的各种遗物是真。司马迁在《史记》中，对于商代谱系的记载是真。唯一的遗憾是，夏朝的大规模、确定的遗迹，始终没有一个明确的说法与确凿无疑的物证。
而即便是文字记载，在夏朝这个时期，也模糊了起来。并非是没有传说和记载，而是这些记载总是会和原始的神话与巫术纠缠，以至于难以作为确信无疑的历史记载存在。
在这种情况下，后世的中国人没法验证夏朝的存在确定与否，便只能退而求其次，寻找中国大地上，商朝以前的文明遗迹。只要有了这些文明遗迹存在，便可以逐步寻找夏朝存在的线索。总有一天，能找到史书中中国文明赫赫有名的第一个王朝的遗物。
中国古人也有一个非常良好的习惯，那就是——殉葬。许多精美的器物，在主人死亡后，随着主人被掩埋在地下。因此，后世出土的文物虽然不多，但也从不间断。仰韶文化、红山文化陆续出土，将中国文明的起始时间大幅度提前。
虽然，按照西方考古学的标准，一个文明的开始，需要文字、城市、青铜器、神庙和祭坛四项标准。但是，以和东方文明完全不同的西方文明的细节，强行套用到东方文明的头上，本身就是不合理的。中国文明，在新石器时代结束后，并没有直接进入青铜器时代。
而是拐了一个弯，将新石器时代延伸出一个时间不短的玉器时代。玉的含义，在中国向来极广。除了和田玉之外，但凡是质地坚硬，颜色漂亮的，都可以被称作玉。在中国的玉器时代，除了青铜器没有大规模出现外，文字、城市、神庙和祭坛都已经出现。而在这个时代，玉器的应用，在一定程度上可以替代青铜器。应该视为文明的开始。
商朝的甲骨文已经可以算是一套成熟的文字。而以文字发展的规律来看，甲骨文之前，必然还有一个漫长的文字积累和统一的过程。虽然这个过程中的证物目前尚不确定存在，但也只是没发现而已。甲骨文不可能凭空产生。而这一套尚未发现的文字，便可以推测是玉器时代的文字。
而城市说白了，不过是个大型的、功能已经分化的村庄而已，文明初始时代，只要有一个领袖出现，并且这个领袖希望有一个兼具军事功能与标致身份功能的建筑出现，那么城市便出现了。所以，城市的存在，总是与人的社会关系的发展有关的。并不是孤立存在。中国人在那个年代的城市遗迹，没有被发现，并不等于不存在。
而中国的领袖和帝王的存在，却已经可以从遗传学上进行考证。中国最早的帝王，从y染色体构建的父系遗传学谱系上看，应该出现在新石器时代中后期。在这个时代，有三个男性有特别多的儿子，而这些儿子，又有了特别多的孙子，然后这些子孙又在两三代内繁衍出成千上万的人口。
这样的谱系，在汉民族的血统中，特别明显。到后世，中国近半的男性，是这三个男子的直系后代。而根据遗传学规律计算，这三个男性出现的时间，分别是六千八百年前，六千五百年前，五千四百年前。这三个年代，又恰好对应考古文化中，高庙文化、仰韶文化和红山文化的鼎盛时期。
而中国文化起源中所说的三皇五帝，和这三个男性怕是怎么也逃脱不了关系。
由此，基本可以认定中国文化中三皇五帝的存在和中华文明的起源。只是当年的物证难找而已。
而新石器时代之前的旧石器时代的人类遗迹，就更加难找了。周口店的北京猿人遗迹，便是其中难得的一支。虽然人类祖先起源于非洲这件事情基本上已成定论。但是，人类文明的起源哪家强，还是考古学和人类学学者争论的要点。
文明不可能凭空诞生，新石器时代前，旧石器时代的人类遗迹，便非常重要。在后世，几乎成为一个文明的骄傲所在。同时也是研究人类起源和发展的重要依据。
而北京猿人的遗骨，便是中华文明的骄傲所在。一九二九年，中国猿人第一个头盖骨的发现者、中国旧石器考古学的奠基人和中国第四纪哺乳动物学的奠基人之一裴文中，在北京周口店发现了第一个完整的北京人头盖骨。这场从一九二七年开始的大规模发掘，以一个举世震惊的学术奇迹告一段落。