洪武十八年，有人告李存义父子实胡惟庸之余党，诏免死，发放崇明。李善长知道个中缘由，也不去道歉，朱元璋心中暗恨不已。
不久，七十七岁的李善长“耄不检下”，然仍欲增隆其第宅，从信国公汤和那里借卫卒三百人，汤和密以闻。四月，有京民坐罪应徙边者，李善长又数次请托，免其所亲丁斌等。于是朱元璋勃然大怒，先严刑逼供丁斌，查出丁斌原在胡惟庸家办过事，知道李存义等和胡惟庸相互勾结的情况，接着下令把李存义父子逮到京师审问，结果李存义受不住拷打，说出了李善长与胡惟庸相互勾结的罪状，朱元璋听闻大怒，当下命锦衣卫拿下了李善长一家，关入大牢。
不久御史们也纷纷上疏劾李善长。洪武二十一年，将军出塞，至捕鱼儿海，掳获元宗室大臣及宝玺、图书、金银印章无数，元宗室大臣中有胡惟庸暗通沙漠的使者封绩，而李善长却匿不以闻。有的更说私书中有李善长的亲笔信。就在这时，李善长家仆卢仲歉等亦上告他与胡惟庸“通赂遗，交私语”。狱词锻炼完毕，朱元璋谓：“善长元勋国戚，知逆谋不发举，狐疑观望怀两端，大逆不道。”恰好天象显示有灾变，占得应在大臣，遂并其妻女弟侄家口七十余人诛之。
李善长子祺，徙江浦，久之卒。祺子芳、茂，以公主恩，得不坐。
朱元璋手诏条列其罪，传著狱辞，颁《昭示奸党录》。列二十人；李善长、胡美、唐胜宗、陆仲亨、陈德、费聚、顾时、杨璟、朱亮祖、梅思祖、陆聚、金朝兴、黄彬、华忠、王志、毛骧、于显、陈方亮、于琥。布告天下，至此，胡惟庸案彻底告一段落，而锦衣卫指挥使毛骧也蒋歓查出于胡惟庸勾结，以胡党被杀，临死都没有像朱元璋说出萧云一家没死的秘密。
胡惟庸彻底清除后，朱元璋觉得把军政大权交给大臣不放心，就取消了丞相职位，由皇帝直接管辖吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部六个部的尚书（官名，部的长官）；又把掌握军权的大都督府废了，改设左、右、中、前、后五个都督府，分别训练兵士，需要打仗的时候，由皇帝直接发布命令。这样一来，朝廷所有大权都落在了皇帝手中，至此，五年后，彻底才算是彻底的平静了下来。
十五年后的中秋佳节。
西湖白堤！
孤山寺北贾亭西，水面初平云脚低。
几处早莺争暖树，谁家新燕啄春泥。
乱花渐欲迷人眼，浅草才能没马蹄。
最爱湖东行不足，绿杨阴里白沙堤。
“嗯，好湿，不得不说是一首好湿啊？”西湖的白堤方向，一个身穿白色儒服的中年人背负着左手，摇着纸扇，望着前方的白堤朗声吟哦道。前方的白堤宽阔而敞亮，靠湖边密植垂柳，外层是各色的桃花，回望群山含翠，湖水涂碧，如在画中游。每到三四月份垂柳碧绿的窄叶挂满柔软的柳枝在湖风中婆娑起舞，柳枝飘飘荡荡的垂进湖面。垂柳与湖水让人感觉到了大自然那天衣无缝的和谐与浓情。这中年男子一时人禁不住吟哦了起来。
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