新疆，叛乱起于喀什和伊犁，进而蔓延到乌鲁木齐一带。新疆在历代的中国皇帝的眼睛里，都应该算做是荒蛮之地，历来是发配充军的好去处，林则徐就有幸到过伊犁
自鸦片战争后，俄国人就时刻惦记着在新疆弄点好处，其势力不断向新疆渗透，并在新疆边缘地带，不断的扶持地方势力。杨一当政后，由于忙于其他地方，对新疆的顾及不多，但在政策上还是给于了众多的好处，大规模降低各种赋税，甚至是减免了原有的大部分赋税。只可惜新疆太远了，加上新疆地方上各种地方家族势力在当地的统治，实际上新疆基本上一直处于地方势力的统治之下，他们豢养了大量私兵，在得到俄国人在暗中的支持下，一些人的野心开始膨胀。三过联军兵败中国后，在看到中国的面貌一天一天的在 变化，不甘心失败的俄国人加速了在新疆的颠覆活动。一股打着恢复大东突厥帝国旗号的势力逐渐形成，他们妄图颠覆中国政府对新疆的统治，实现所谓的独立。
一直把主要精力放在中国东部的杨一，也没能发现新疆的变化，这些势力以伊犁的买买提，喀什的阿巴依哈为代表，他们趁着中国政府无暇顾及的机会，拼命的扩充势力，购买军火。
杨一废除清朝政府，成立共和的消息传来，自觉羽翼丰满的买买提等地方势力，认为这是一个好借口，是一个他们实现所谓独立的好借口，一场暴乱就此拉开。
喀什和伊犁一起造反，伊犁的买买提杀害了中国政府在当地的官员后，联合阿巴依哈等地方势力，纠集了十万叛军，短短四月只内，新疆西部的地方势力纷纷起兵响应，阿克苏，库车，轮台，乌苏，石河子先后落入叛军的手里，乌鲁木齐以西都成了叛军的地盘，一时间叛军势力甚嚣尘上。只有博湖一带的马家表示不参合，他们保持中立的态度。被回绝的叛军虽然恼怒，但考虑到眼下多一个敌人总不是好事，况且马家子弟英勇彪悍，万一大家打起来，耽误了打乌鲁木齐那就不合算了。
焉耆，库尔乐，和静一线属于马家的势力范围，马家读叛军暧昧的态度，被叛军认为是一种观望的姿态，只要打下乌鲁木齐，马家就会倒向叛军，到时候整个新疆就都属于叛军的统治之下了，马家的态度虽然不明确，可从实际效果来看，正是由于马家，乌鲁木齐才避免了被两线夹击的危险。
马家抱的是什么态度，也许只有马家的老爷子马长风才知道。
乌鲁木齐，阿凡提站在城墙上，心中的忧虑丝毫没有减少，城外的叛军阵营处，帐篷连天，十万叛军对乌鲁木齐的围攻已经整整一个月了，除了左宗棠半个月前派来三千新军增援部队，围剿大军至今杳无音讯。乌鲁木齐是新疆唯一驻扎着新军的城市，一千新式步兵在中国政府派出的督办张耀名的带领下，于两个月前才进驻乌鲁木齐。叛军也曾经派人来暗中联系阿凡提，许下了许多的好处。作为乌鲁木齐的地方官，阿凡提在民间有教高的威信，阿凡提被称为新疆最有智慧的先知，最了解《古兰经》的阿訇。
新疆在杨一当政后，就被赋予了极高的自治权利，各地官员基本都由当地人推举产生，阿凡提就是这种推举制度的产物，成为了乌鲁木齐的维族名义上官职最高的领导者。
新疆叛乱之处，阿凡提就清楚的看到了叛乱必败的结局，阿凡提对外界发生的一切都很关注，中国军队连三国联军都收拾了，更何况这些叛军。所以一开始阿凡提便对叛军虚与伪蛇，暗中联系督办张耀名。张耀名得知后大为着急，眼下新疆烽火不断，可他手上也只有三千人马，不敢主动出击，只好打着死守乌鲁木齐的算盘，张耀名和阿凡提一面联名送信给左宗棠，一面由阿凡提出面联系叛军在当地的卧底，以阿凡提响应叛乱为理由，将叛乱分子引出后一网打尽，大大的安定了乌鲁木齐的防御问题。
乌鲁木齐人口七万，只有三千守军，如何够抵挡叛军？阿凡提和张耀名很快就找到了盟军，马家老爷子马长风秘密派人送来信件，马家三千子弟乔装打扮后进入乌鲁木齐，这一下大大解决了乌鲁木齐的防御问题。内贼消灭后，阿凡提立刻把中国政府给于新疆的种种优惠政策告示民间，并号召广大市民起来，保卫自己的权利。这一下阿凡提勉强又征集起四千人的队伍，虽然这些新兵没什么战斗力，可是叛军也是群乌合之众，有城墙的掩护，也算勉强组织起了有效的防御。
叛乱开始后的两个月，叛军终于出现在乌鲁木齐城下，乌鲁木齐城墙并不高，且有多处是土墙，虽然经过临时的加固，但并没有解决多少问题。
所幸叛军并不是训练有素的军队，一路顺风的叛军认为乌鲁木齐会象其他地方一样，一战而克。叛军先锋部队来到后可以说是肆无忌惮，连基本队形都没有形成变一窝蜂的朝乌鲁木齐涌来，张耀名带来的三千新军可是正规训练过的，他们不慌不忙的操纵着仅有的三十六门迫击炮，用炮火对叛军的进攻队伍进行拦截，待叛军接近后，新军用机枪和步枪不断射击，冲到城下的叛军被手榴弹炸的哭爹喊娘，叛军的第一次进攻便遭到重大的挫折，损失了六千多人却没有前进一步，而且这些被消灭的叛军，大多数还是骑兵，用骑兵来攻城，也许只有极度狂妄的人才会犯这样的错误。
随着大队叛军的到来，叛军稳定住阵脚，买买提甚至还斩杀了先锋部队的将领。稳定军心后，在俄国顾问的帮助指挥下，三天后，买买提和阿巴依哈调集一百二十门大炮，开始了对乌鲁木齐新一轮的进攻。
接下来的进攻就是乌鲁木齐守军接受血与火的考验了，新兵们在炮火的狂轰下立刻陷入混乱，幸好有新军正规部队沉着的表现为榜样，短暂的混乱后，新兵们也有样学样的趴在地上，躲避炮火的攻击。
一轮炮火下来，新兵损失不小，三百多人死伤，大家还没来得及悲痛，叛军的冲锋就已经开始了。也算是运气，叛军没有准备好足够的攻城器械，这一轮进攻也被守军顽强的打了下去，许多叛军虽然冲到城下，但只知道用木桩去撞击城门，被新军集束手榴弹一阵乱炸，只好丢下木桩逃命。这一次进攻叛军又丢下三千多具尸体，新兵们在新军老兵的带动下，知道城破后就是一场屠杀的他们，也拿起手中的弓箭和土枪，朝冲到城墙下的叛军开火，马家三千子弟的装备也不算太差，清一色的火铳射击时，发出一阵阵整齐的巨响，成城下之敌也造成了不下的伤亡。
连续受挫的叛军开始改变策略，一面集中火炮轰击一段土墙，一面派人四处收集木材，打造攻城的器械。西方留学归来的张耀名很快就看出了叛军的意图，在和阿凡提商议过后，立刻组织人马，随时准备抢修被毁城墙。经过一天的炮击，城墙被轰塌了一段将近二十米的缺口，叛军借着天黑前最后的余晖，拼命朝缺口处涌来。
张耀名立刻组织炮兵，不断用炮火封锁倒塌的城墙地段，一面组织几十挺重机枪，在缺口前形成一道火力防护网，阿凡提也亲自来到第一线，组织人手用预先准备好的沙袋和石头，以最快的速度在修复城墙。看见胜利希望的叛军不计伤亡的朝缺口方向进攻，在连续遭到炮火和机枪的重创后，还是有众多的叛军涌至缺口处，眼看叛军就要得手，但是张耀名早以派出一千新军，在缺口前摆下方阵，密集的步枪齐射，把妄图冲进乌鲁木齐的叛军，一批又一批的打倒在地。