了解了死者的身份之后，波洛还发现了一个惊人的事实：
这个列车上有十几位乘客，都和死者制作的一起绑架案有关！
所以他们的证词都是假的！
因为他们都参与了谋杀！
整个案件，就是他们在合作，来互相掩盖各自的罪行！
然后更多真相浮出了水面：
死者曾是一个绑架犯，在残忍地杀害一名小女孩后，凭借贿赂继续逍遥法外。
而那个小女孩的母亲当时怀有身孕，不久便诞下一名死胎，病重去世。
那个小女孩的父亲，也郁郁而终。
小女孩家的保姆因为被怀疑有严重嫌疑，不堪盘问，寻了短见。
所以最后谋杀案的真相令人震惊：
除了波洛，火车公司董事长与验尸医生，车厢内所有人包括列车员一共十二人都是凶手！
他们都认识那个悲惨的家庭，且受到过那个家庭的巨大恩惠，所以在看见受害人逃脱法律的重责之后决定动用私刑，将其杀死。
而侦探波洛在了解事件原委后，说出了两种破案的可能性。
真正看过波洛系列的读者都知道，波洛喜欢在最后揭示真相的时候说好几种可能的想法，但除了最后一种，前面的想法往往是错误的。
这次也一样。
波洛提出的第一种想法是（非原话）：
“凶手中途上车，杀完人后跑了，可能是黑手党之类，和死者有生意上的倾轧，这一种解释是建立在相信这十二个人证词的基础上。”
这十二个人的证词，可以为彼此提供不在场证明。
基本没人猜到，十二个人全都是凶手！
不过这个说法明显漏洞百出，火车上的医生提出强烈反对。
具体漏洞波洛在书里解释了。
然后波洛提出了第二种可能性，一个匪夷所思的可能性：
十二个乘客都是凶手，他们一人一刀，了结了死者，然后互相提供不在场证明，制造了这个看似无解的案件。
虽然匪夷所思，但凶手们承认了。
十二个人，痛苦的回忆起了当年的那桩惨事。
小说里同样有文字描述。
大概就是恩人一家惨死后，亲朋好友都活在巨大的痛苦之中，法律帮不了他们了，所以他们选择以暴制暴。
到了这里。
波洛询问火车上的负责人，接受哪一种答案？
负责人选择了第一个，也就是错误的答案。
医生接着附和说，会做一些医学上的帮忙。
因为只有第一种解释是可以帮十二个凶手脱罪且不被怀疑。
但细节对不上。
所以医生暗示说，会帮忙做一些医学上的帮助。
波洛从头到尾，都没有说哪一种可能是正确的。
他只是说，我提供两种可能，你们自己选。
也就是帮这十二个人隐瞒真相，还是揭露罪行，让你们自己选。
火车负责人和医生一致选择隐瞒。
包括波洛其实也是这么想的，否则以他的性格，不会说出让别人选这种话——
他决定以侦探的身份，退出这场谋杀案。
有点开放式结局的意思。
结尾没有明说十二个凶手的结局。
不过阿婆的另外一部小说《死亡约会》里有相关的彩蛋。
里面明确提到波洛没有揭发这十二个人。
具体情节是一个嫌疑人的妻子(她本身也是嫌疑人之一)和波洛说：
“我知道你在东方快车的案子中放过了凶手，让他们制裁了那个罪大恶极的人。你这次不能也这样做吗？”
波洛问:“你怎么知道东方快车的事情的？这次不行，这俩案子是不一样的。”
大概就这个意思。