五月二十日，熊廷弼的急报送达北京通政司，连带的还有当时抓到的建州女真来接船的人以及日本的船员，再加上搜缴到的火枪。如此种种，在北京朝堂上一摆，整个大明朝廷以及辽东镇均感到了极大的震撼。
而南方的朱由栋拿到这个消息自然更早。待得邸报传到南京后，早有准备的金陵日报顿时连开专版，对建州女真火力全开。并且在舆论导向上，尽可能的往着五百年前的金国和北宋上引。
整个大明官场上下，现在谁还不知道《金陵日报》上的特刊，其实就是太孙意志的体现？不要说这会儿大家都巴结着太孙，想要往那个大明名臣传的专栏上蹭一蹭。就单是这个事情，无论文武，都是急着上本表明态度：小小建州，弱得不行，居然敢跟倭贼勾结，这不反了天了？不行，一定要严惩！
在大家的意见都很统一的时候，大明政府运转起来这效率自然是极快的。
五月底，朝廷就发来圣旨，责成坐镇南京的皇太孙派出使者去日本进行问责。而朱由栋在接到圣旨后，就让已经准备就绪的犬养栋二再次出使日本，给德川家康带去了他的亲笔信。
在这封信里，朱由栋严厉质问德川幕府：你们一方面想跟我们签约做生意，一方面又跟我大明下属的建州卫做军火生意。你们这样的行为是对我大明严重的挑衅。不对！这绝不是挑衅，这就是宣战！你们德川幕府和我签订的条约还没有干呢，你这会就想毁约了么？
被朱由栋劈头盖脸一阵狂骂的德川家康也是极为恼火，他在把竹千代叫来狠狠的骂了一顿后，也只有舔着脸向犬养栋二解释，说这些事情他完全不知情。因为日本这个体制，幕府对于各地方大名的内政是没有直接管辖权的，贵使以前是日本人，想来对这个也是很熟悉的。所以……呵呵呵……
当然，朱由栋这会不想也无力和德川幕府开仗，所以，秉承其意志的犬养栋二在德川家康交出平户港代官和附近一个小大名的脑袋后也没有再提更多的要求。
而建州这边就不能轻松过关了。
一开始，得到这个消息的努尔哈赤赶紧的派人再次到北京，希望那几个交好的御史能帮他们说话。但是这会儿这几个御史却是不敢发声了：开什么玩笑，平时收了你们好处，弹劾一下把你们欺负得狠了的那些丘八是可以。这会儿的舆论都上升到北宋和大金国的历史了，我身为汉人怎么还敢帮你说话？不行，绝对不行！
建州这边的人还在想办法，接到朱由栋暗示的次辅李三才已经指示兵部上了处置意见。
同样是在五月底，大明朝廷对建州女真发布了圣旨，算是敲定了处罚意见：
一、建州卫统领努尔哈赤亲自到北京，向兵部进行解释、谢罪。
二、谢罪完毕后，努尔哈赤交出褚英和皇太极两个儿子，送到北京做人质。
三、建州右卫指挥使舒尔哈齐，乃是大明任命的正式官员，你努尔哈赤有何资格将其囚禁？命令你立刻将其释放，并将其子女、妻妾、部下等，转交给辽东镇铁岭卫。
四、重新划分建州卫，除舒尔哈齐的建州右卫之外，代善、莽古尔泰、阿敏等，分领建州前、后、左卫，努尔哈赤以后只领建州中卫。
以上处罚，建州卫必须在今年六月前全部执行，否则将由辽东镇派出大军来监督执行！