崇祯大行的时候，还没有修建陵墓，所以等到崇祯入土为安还需要很长时间。李国栋决定在这段时间之内让厂卫坚决抓出凶手。估计只要揪出幕后主谋，朝廷之中反对的声音就会少一半。按照李国栋的判断，那些坚决要求宗室担任监国的官员之中，有不少人同崇祯遇害有关。
经过了一系列繁琐的仪式，李国栋出宫，协助厂卫继续操办破案之事。
崇祯皇帝大行的消息已经传遍了整个南京城，城内一片素缟，城外的淮军大营内，也挂起了白幛，全城内外哀悼崇祯皇帝大行。
锦衣卫衙门内虽然也是一片素缟，但破案的事情并没有因为皇帝大行而停下来，张书恒反而是抓紧了时间。
案情逐渐有了眉目，弑君大案确实和朝廷中的人有关，牵涉到此案的多半都是一些来自湖广、两广、江西等地的传统土地士绅，以及这些地方的官员。其中还有人同满清有瓜葛，在暗中推动此事。
张书恒对整个案件已经有了眉目：那些人收买了乾清宫扫地的小太监，然后让小太监偷偷把瘟疫死者的衣物带进宫内，利用扫地的机会，把那些脏衣服在寝宫内抹了一遍。从科学的角度来讲，这就是生物武器攻击了，病毒被留在寝宫内。
小太监干这件事不是只有一次两次，而是从半年前就开始了。在一次次的感染之下，崇祯终于染上重病。
之后这些人又收买了太医院的小吏，获得了假的腰牌，在送给崇祯的药物里面做了手脚。虽然添加的东西和药物本身都是无毒的，可是这些东西合在一起，却变成了使得崇祯皇帝病情加重的毒药，就这样，这些人害死了崇祯皇帝。
接下来锦衣卫就开始活动起来，很快他们就找到了物证。
虽然混入锦衣卫的满清细作已经服毒自尽了，但是锦衣卫还是找到了一丝蛛丝马迹。
夜幕下的南京城，整个城市沉浸在天子大行的悲痛中。夜幕降临，一批黑衣人从四个不同的方向，直扑一座深藏在小巷子内的院落。
漆黑得伸手不见五指的南京城内安静得可怕，这些黑衣人到了院子外面，以绳索飞上墙头，随后一批黑衣人爬上墙头，翻身跳进了大院内。
“什么人？”一名提着灯笼巡夜的人大喊一声。
“嗖”回答他的是一声弩箭的破空声，一支弩箭扎入了这个人的咽喉。
“杀！”带队的张书恒一声大吼。
锦衣卫迅速冲向各种的目标，大院子内立即掀起了一阵血雨腥风，那些企图反抗的家伙一个接一个倒在绣春刀之下。
另外一个方向，从另外一边翻墙进来的锦衣卫直奔内院。
内院卧室中，三条彪悍的大汉还未能来得及起床，拿起武器抵抗或者自尽，锦衣卫就已经冲入了他们的卧室内。那三个家伙连自尽的时间都没有，就被锦衣卫捆得严严实实的。
张书恒走到三条大汉跟前，他扯了扯其中一个家伙的头发，却把那家伙的假发套扯了下来，露出了一颗带有一根鼠尾辫的大光头。
“果然是建奴！带走！”张书恒大喊道。
这些清军细作也是十分嘴硬，但是他们被带到了锦衣卫诏狱内之后，张书恒以李国栋发明的水刑、铁娘子之类的新式酷刑一番审讯，这些人大多数都支撑不住，纷纷招供出来。