十七世纪对于殖民.运动而言实在是个好时代，因为这个时代的道德下限特别的低，几乎就低到了没有下限的地步。不要说什么种族歧视之类的玩意儿，就是种族屠杀，也是常用的手段。和那个时代的欧洲殖民者一比，尤其是和某些西班牙人一比，后世的希特勒都能只能算是个心慈手软的小可爱。如果不是因为技术能力的限制，如果那个时代的西班牙人有希特勒时代的技术水平和人口，估计南美洲就不存在土著了。嗯，甚至应该说，全世界就不存在除了西班牙人之外的灵长目人科人属智人种的动物了。而相比欧洲，实际上中国对殖民地的需求更为迫切，因为欧洲的人口事实上并没有多到本土养不活的地步，但在这个时代的中国，这个问题却是非常严重的。
但是郑森却并不打算在他所控制的区域搞这一套，这倒不全是因为来自后世的道德的影响，虽然这种影响肯定是有的，还有一个重要的因素就是成本问题。如果硬干的话，土著再多，也不是模范军的对手，真是来多少死多少。但是土著虽然有个土字，但并不等于说人家的智商就一定很低。无论是菲律宾还是台湾的土著，其中其实也不缺聪明人，他们很快也就发现了和那些郑家的移民硬碰硬的来，就是鸡蛋碰石头。而以郑森在台湾获得的经验来看，只要给上一段时间，他们很快就能无师自通的学会了游击战。当然，这些土著的游击战水平和后世没法比，但是另一方面，即使是模范军，在军事素养上也一样没法和日本鬼子比。所以，这些原始的游击战依旧能给郑家的移民活动带来很多的阻碍。在台湾，因为土著人数有限，台湾的地盘又有限，再加上郑家又利用了土著觉悟低的缺点，采取分而治之，挑动土著斗土著，甚至使用某些在这个时代还算合法的神经类药物毒害的方式，才慢慢控制住局面。
而在吕宋，情况则更加的麻烦。吕宋的土著的开化程度远远高于台湾，他们的组织度其实相当不错，甚至都不太应该被称作土著了，因为他们也曾建立过自己的国家，这是进入了文明时代的标志之一。只不过他们的国家被西班牙人摧毁了，本来从这一点上来说，这些土著也应该算是可以团结，可以搞统一战线的对象。
一开始这些土著还试图正面对抗，但很快，他们就发现，即使是和华人老板们的民团打，正面对抗，也是找死。于是很快，各种游击战就活跃起来了，而吕宋岛上到处是森林，非常的适合游击作战，土著们使用毒箭等看起来原始的武器，不断的袭击落单的华人，毁坏华人的田地，袭击种地的农民。而当华人的民团来攻击他们的时候，他们又迅速的化整为零，散入到丛林当中。
有一次民团也追进了丛林，却在丛林中遭到土著们的伏击，密集的丛林使得火枪之类的射程优势完全施展不开，军队的队形也无法保持。而土著的人数优势却得到了最大限度的发挥，结果五十多人一个逃出来的都没有，而那些土著们却将他们的头砍了下来，第二天堆在距离华人的堡垒不远的地方示威。
虽然总的来说，在这样的战斗中，土著的伤亡依旧要比华人更大，但是这样的战斗却不断地几乎永无尽头。如今在稍微偏远一点，驻军密度小一点的地方，人们大白天的都要几个人拿着武器在一起才敢出去，至于田地，只要靠近丛林一点的，就全都抛荒了。
当然，土著们的日子也不好过。吕宋的土著比台湾的土著文明程度更高，他们已经从渔猎时代进步到了农耕时代。所以他们如今是定居生活的了，正所谓跑得了和尚跑不了庙，跑得了土著，跑不了他们种的田。民团们抓不到土著，就去摧毁土著们田地里的庄稼，而这对于那些土著们来说，也是非常恶毒，却又难以对付的一招。尤其是一些原本更发达一些的土著，他们的区域和华人控制区更近，遭到的打击自然也更重。