然而，就连崇祯都对吴三桂抱有幻想，认为他迫于无奈才借兵剿贼，不是真的背叛大明。在崇祯心里，闯贼要远比满鞑更可恶。满鞑只需要些子民财产就会退兵，而闯贼可是要夺去他的江山的。
北京城破，皇后自尽，三个皇子至今下落不明，这已经是崇祯心中永远的痛。他恨闯贼恨的痛彻心扉，所以引清兵入关的吴三桂在崇祯心里一点都不可恨，相反崇祯对吴三桂还有丝丝的欣赏和感激。若是没有吴三桂借满鞑剿贼，闯贼在北方站稳脚跟下一步肯定是出兵南伐，自己又如何能够安稳的坐在南京？
既然吴三桂是忠臣，自然不能寒了忠臣之心，朝廷经过商议之后，决定派兵部侍郎左懋第、前总兵陈洪范、兵部值房郎中马绍渝三人的代表团前往北京。
一是向吴三桂宣旨，封其为蓟国公，世袭罔替，并发白银五万两、粮食十万石犒赏关宁军，由太仆寺正卿沈廷扬督率船只运送。沈廷扬曾经督率过海路漕粮运送，经验极为丰富。
使团的第二个任务就是和满清朝廷商议，商谈联合剿贼事宜，并试探满清的底线，看其是打算占据大明的疆土还是和以前一样捞一笔就走？看看能否通过谈判让满清归还北京，为此付出一些银两财富也不是不可以。
朝廷的第二件大事自然是处理福王之乱善后事宜，福王被抓，一众从犯相继落网，是时候给这次叛乱画个句号。
内阁经过商议奏请崇祯同意，决定由刑部、大理寺、都察院三个部门共同审理福王叛乱之事，锦衣卫衙门负责监督协助。盖因福王之乱影响极大，审理的规格极高。
其实福王之乱事情极为简单，处置起来也不复杂，福王以莫逆之罪无可辩驳，按照宁王之乱先例，福王朱由崧处死，除福王之藩。
福王之乱主谋马士英已经自尽，其家人男的发配军前效力，女的发教坊司为奴。主谋太监卢九德，除以凌迟刑法。
忻城伯赵之龙、诚意伯刘孔昭，参与叛乱之举，均处死，抄没家产。
然而在魏国公徐久爵以及其他勋贵的处理上，审案人员发生了极大分歧。
右都御史李沾坚持认为徐久爵并未参与福王之乱，平南侯对徐久爵的处置有失公允，应该宣判徐久爵无罪。
刑部尚书吕大器却认为徐久爵在福王登基之时选择了服从，也许其是迫于福王的兵威，但为人臣子者不能效忠君王屈从叛逆，本身就是背叛，再加上徐久爵在平南军攻城时，响应福王号召出钱招募了一些乡兵，所以其并非无辜。
在福王登基之时，吕大器是少数没有选择屈从之人，所以有底气说这话，但是在其他官员看来，若是因为屈服就被定罪，那朝廷大部分官员都有罪了，若是选择了处置徐久爵，他日也可能以同样的理由处置自己。所以大理寺和都察院的官员都极力反对处置徐久爵。
双方发生了极大的分歧，审案陷入了僵持。