几分钟后指挥部就与机群失去了控制……这是由于随着战斗的展开，敌我飞机数量很多，航母与飞机，飞机与飞机之间的通讯频繁导致通讯阻塞，山本五十六只能听到一片杂乱的、断断续续的叫喊声和枪炮声，指挥部发出的命令和询问根本就没人能收到。
可想而知道机群正与美机遭遇并产生激烈的混战。
这种通讯阻塞的情况同时也发生在美军身上，甚至就连企业号上的最新型的sc型对空搜索雷达的显示屏上也图像混杂，根本就分不清敌我。
也就是说，这时美日双方的战机其实都是在无人指挥无人引导的情况下自行作战。
因为美舰队事先做足了准备，军舰已排成防空环形队形，战斗机也是53架全部升空，它们在军舰的配合下在航母周围形成了一道强大的防空网，而日军派来的飞机大多为不适合空战的轰炸机、鱼雷机，于是整体上还是美军占据了上风。
但有句话叫世上没有攻不破的防御，十分钟后就有十余架轰炸机和鱼雷机成功突破了美军的防空网开始对“企业”号实施俯冲轰炸。
应该说这十余架轰炸机再加上鱼雷机，已完全有能力将“企业”号炸毁，就算“企业”号不时以大舵角急转弯规避攻击也是如此。但由于日军飞行员在中途岛海战中损失太多，此时的飞行员已经有相当一部份是新手，再加上美军炮火猛烈，日军鱼雷机在占领攻击阵位前就被全部击落，轰炸机也只有少数几架突破投弹。
这成功投弹的几架轰炸机命中率还是挺高的，“企业”号被命中3枚250公斤炸弹，霎时“企业”号就燃起了大火，升降机两座被炸毁，美军被炸死了72人，再加上船舷漏水使舰体横倾无法前行。
所以，这也可以说是日空军错失了一个绝好的机会……此时的“企业”号已经失去了行动能力，那么大的一艘航母就像是个靶子似的在日军的轰炸机、鱼雷机面前，只要再随便朝它投几颗炸弹或是鱼雷就很有可能将其炸沉了，但日军飞行员却在美军强大炮火和多如牛毛的战斗机面前退却了。
当然，他们有理由退却，因为他们完全可以报告说已经重创了美航母。
这就是飞行员素质好与素质差的另一个差别：素质好的飞行员，他们会确保自己完成任务，甚至完成任务还不够，他们会充分发挥主观能动性，主动的冒着生命危险尽可能的给敌人造成最大的伤害。但素质较次的飞行员，他们就觉得勉强完成任务差不多能交差也就可以了。
“萨拉托加”号也遭遇到相似的情况，两枚炸弹在它的甲板上爆炸，炸毁了两架由于油料不足刚刚返回航母的舰载机，甲板上霎时就燃起了熊熊大火。
美军两艘航母的样子给日军一个错觉，或者说日军飞行员有意产生错觉，那就是美军这两艘航母已经受了重伤，于是日军飞行员在返回时就向山本五十六报告：“我们已经重创目标，我们成功了！”
山本五十六的指挥部很快就传来了一片欢呼。
其实美航母并没有多大的损伤，企业号进行了紧急抢修，仅用一小时就扑灭了大火，之后就恢复了平衡，航速达到24节，并能够接受飞机着舰。
“萨拉托加”号甚至只需要将那两架着火的飞机推到海里就没什么事了。
而就在山本五十六等人欢呼的时候，突然有瞭望兵报告：“发现敌人机群！”
“什么？”闻言山本五十六不由愣了。