随着四十七集团军部队开始进入到广西战场上，孙卫国已经开始直接指挥骑兵第三军，新七军，暂九军，46军四个军的部队，而孙卫国四十七集团军三个军则是下辖荣誉第三师，荣誉第七师，暂编第五师，暂编第六师，荣誉第四师，新编11师，保安师，201师，骑兵第一师，骑兵第二师，炮兵师，这些部队足足有十余万人。
当新七军以及暂九军部队火速来到广西作战后，孙卫国立即开始对日军进行了全面反攻。
四十七集团军部队无疑是强大的，在他们的反击下，日军部队开始节节败退，最终22军司令官桥本群不得不下达命令，将日军部队全部集结在军司令部所在地钦州。
1939年十二月二十五日，日军16师团，18师团，57师团，近卫师团，印度支那派遣军，重炮兵第九旅团，独立战车第一旅团，独立战车第二旅团等残部开始在钦州设置防御阵地，而孙卫国则是命令新七军，暂九军，骑兵第三军，46军部队开始对钦州展开猛烈攻击。
双方在钦州展开激战，经过十几天激战，四十七集团军部队将钦州日军部队全部歼灭。
但是经过这次作战，四十七集团军部队也遭到了重创，三个军十一个师虽然歼灭日军十几万人，但自身伤亡也超过了三万人。
随着日军22军主力部队在钦州被全歼后，四十七集团军还没有来得及休整，随即再次投入到作战中。
四十七集团军部队在孙卫国带领下，开始前往到南宁，对日军第五师团展开了攻击。
到了1940年二月初，广西日军第五师团被第四战区部队全歼，这是战场上取得一场最大捷报。
四十七集团军部队连续取得捷报，军委会自然是很满意的，不过到现在四十七集团军部队已经伤亡了五万多人，其主力部队全部都已经到了伤筋动骨的地步，经过军委会研究后，四十七集团军部队开始调往到云南进行休整。
同时孙卫国开始被晋升为陆军二级上将，四十七集团军部队也扩编到四个军番号。
四十七集团军开始调往到云南休整，此时四十七集团军开始下辖新七军，暂九军，骑兵第三军，预备第六军四个军部队，总兵力超过了十五万人。