见到鸣人被神树杀死的场景，水门自然是对神树心生怨念，但是他却又无可奈何。神树实在是太强了，就算是全盛时期的自己都不是他的对手，更何况是现在只剩下灵魂的自己呢！他根本就什么都做不了。
然而就在那个时候，纲手等五影赶到了这处战场，在见到纲手的瞬间，水门突然间想起，他其实并不是什么事情都做不了，这种情况下还有一个忍术可以帮助现在的他，那就是当年加藤断闻名忍界的灵化术！
灵化术，加藤断因为这个忍术的而闻名忍界，这个忍术可以将自己灵化成活的灵魂，并让自己的灵魂进入他人的精神世界来控制他人的身体。神树将紫苑、雏田炼化为灵体的那个炼器之术，就有参考加藤断的灵化术。作为四代火影的波风水门也曾经研究过这个术，并有修炼过。
如今作为灵魂体的水门依旧可以使用这个术，于是他施展起灵化术进入到了刚刚死去的鸣人的精神世界，取代鸣人控制住了他的身体。在鸣人体内复活的四代火影并没有马上就跳起来跟神树拼命。他毕竟不是鸣人那个脑袋缺根弦的家伙，作为火影的他懂得用自己的脑袋去思考问题。
水门很清楚的知道，神树的强大并不是他可以抗衡的，所以，他需要找到强力的帮手，他将注意打到了控制着秽土转生军团的药师兜身上，并在战局混乱之时使用空间忍术悄悄离开了这处战场。
水门知道神树的实力很强，光是依靠他自己，再加上忍者联军的力量也很难从神树的手上取胜，他们需要更多的高端战力，于是水门想要利用药师兜将初代到三代火影都秽土转生出来。尸鬼封尽已经被神树破除了，并不知道这一点的药师兜并没有试图通灵过那三个火影，但是现在，水门需要他这么做。
脱离战场的水门最终如愿的找到了药师兜，并且将他打败，水门也在那里遇见了宇智波佐助。眼见鸣人出现在自己的眼前，已经换上鼬的眼睛的佐助，此时正是想要验证自己实力的时候，于是佐助不由分说与四代火影展开大战。
不过这场战斗并没有分出胜负就已经结束，四代火影告诉了佐助鸣人已死的事情，并劝说佐助与自己一同去对付神树，在这一刻，四代火影的主角光环终于显现出它的无敌力量，几乎没有费什么劲，四代火影就白捡了佐助这么一个强大战力。
之后，为了聚集更加强大的力量对付神树，佐助更是将大蛇丸复活出来，并让他秽土转生出了剩下的三个火影，至此，火影军团终于集结，初代到四代火影组团成功，已经拉齐了队伍的四代火影，也决定了带着自己的小伙伴们去刷神树这只boss。..