吉雅如愿见到施罗二人，只是施罗二人对信中内容十分不满，一致要求张士诚出兵讨伐朱重八，不可错失良机。但张士诚十分巩固，愣是没同意。并安排施罗二人陪使节吉雅饮酒作乐，吉雅席间豪放之态令二人实为欣赏，虽政见不同，却也结为好友。
暂时搞定张士诚，这边就准备攻打陈友谅了，陈友谅是皇帝徐寿辉手下的一员文武双全的猛将，他心黑手辣，六亲不认，什么人都敢杀，不讲义气，没有道德底线，此时他已弑主，继承皇位，拥有强大的水兵舰队。
而兴宗的军队最不擅长水战，扩廓只拨给他少量老弱病残的士兵装装样子，重八吃了不少败仗。重八有侄子叫朱文正，整日花天酒地，朱派其驻守洪都，陈挥军六十万逼近洪都，此时朱兴宗接到小明王韩林儿的命令，搞军事援助去了，无暇顾及也不想顾及这个花花公子。吉雅知道这是朱兴宗的大哥朱重四留在这世上唯一的独苗。便连夜和汤鼎臣、刘基、扩廓商量对策，准备援助朱文正。
吉雅想到战争最重要的是武器装备，提出制造火枪，芊芊提出有一个叫做邓愈的隐士会制造火药,吉雅便派人寻他来帮忙。于是大批火铳被暗中送到朱文正的洪都城中。朱文正关键时刻还挺拉坎儿，既会做思想工作，又会统筹安排，加上吉雅等人提供的先进武器，竟然带领相对悬殊的守城官兵，一直坚持到朱兴宗援军到来。
朱兴宗听吉雅众人说火药如此厉害，便着邓愈制造大型火炮，然后挥师与陈友谅的大批水军在鄱阳湖大战，双方互有胜负，战局陷入僵持状态。
之后的对决中，陈军出了个猛将张定边于百万军中直取重八首级，重八旗舰紧急转移，无奈运气不佳，船底竟然触了暗礁，搁浅了。千均一发之际，常遇春不慌不忙、拉弓搭箭正中张定边，射的还是移动靶，并用自己的旗舰撞击重八的旗舰，使其脱离搁浅，救了重八。这一系列举动让在城楼上观战的吉雅捏了一把汗，身边的塔娜也被震慑住了，吉雅不知常强奸塔娜一事，只知常痴恋塔娜，便借机劝说塔娜不要错失这份感情，塔娜终于答应下嫁。
朱陈交战多次，一直未有定局，这天，陈友谅不知哪根筋搭错了，竟效仿三国时期的曹操，把所有舰队用铁锁链锁到了一起！吉雅立刻联想到了赤壁之战，刘基、兴宗和扩廓一点既通，便联手依样画葫芦给对方来了个火攻，把陈大部队消灭贻尽。经此一战，陈友谅是彻底翻不了身了，最可悲的是，他在逃跑途中被手下放冷箭杀死。而此时，朱的军队则更壮大了些。
朱兴宗战胜后,自陈友谅处得大批美女,赐予众将军、臣子，徐达得了一个名唤谢泯凤的女子为妻，此女臂力过人，可使百斤铁锤，只是性格粗鲁，说话口无遮拦，不尊重吉雅，惹恼了朱元璋，幸亏吉雅劝说，否则差点丢掉性命。
此时，扩廓请求太子爷为他和吉雅主持婚礼，太子欣然应允，吉雅却因为重八和她已经发生肌肤之亲，心中愧对扩廓和芊芊，坚决不肯成亲，言自己谁也不嫁，再逼就做姑子去，毕竟是堂堂相爷之女啊，又是太子爷从前喜欢过的人，所以也只好听之任之，取消她与扩廓的婚礼。兴宗非常高兴，而扩廓却极为失望，但他仍然对吉雅很关心照顾，却把所有的怨恨都附加在重八的身上，他认为这全是他一手策划的阴谋，所以私下里总找重八较劲。
兴宗的军事实力与扩廓已经势均力敌，但他还不想轻举妄动，所以他对扩廓的无端刁难总持隐忍、敷衍的态度。
接下来要对付的是张士诚。就在朱兴宗考虑要什么时候出动攻击时，发生了一个小插曲，朱文正，也就是之前提到的驻守洪都的兴宗的侄子，竟然因为朱兴宗论功行赏不公平，和张士诚暗中勾结，叛变了！朱兴宗带着愤怒和失望集结部队征讨张士诚。
太子爷感觉兴宗羽翼丰满，不敢再帮助他，准备坐收渔人之利。吉雅见扩廓不肯帮忙，很是担心，在兴宗出征前向兴宗透露了担忧之情，兴宗对吉雅的关心很是欣喜，欣然安慰一下她，挥军出征，却不知吉雅、塔娜女扮男装混入出征队伍之中，还好汤和知情，一路上对二女颇为照顾。
张士城善于防守，他修了八道城门，每个城门都极其坚固。城上有固定的弓弩位，一靠近就会被射成刺猬，城内储备可供守备数年的粮食。
久攻不下，女扮男装、混入军中的吉雅献计筑高楼，攀于楼上用火箭、火枪、火炮空袭对方，终破张士诚守卫之地。
元朝朝庭由孛罗专权，他排挤女主的父亲，女主父亲携亲眷逃往大漠避难，此间，收到女主来信，知女儿平安，遂安心在大漠定居。
沦为傀儡的元惠宗，早就对孛罗大为不满，便设计杀死孛罗，将其人头送予太子，太子见人头，知其意，便命扩廓护送，回大都寻父皇。何芊芊虽惦念朱元璋，但太子非要带着她随行，她也只好跟随到了大都。
元惠宗因上次扩廓与孛罗之战，心存芥蒂，恐其谋反，便削甚官爵，令其于三十里外听候差遣，实际上就是罢免其兵权，但当时惠宗已经失去对军队的指挥能力，不过是虚张声势而已，扩廓对元朝十分忠心，虽没有交出军队，却很听话的驻扎于惠宗指定地点，默默操练士兵，准备对付朱兴宗，收复元朝失地。
扩廓的养父急于抱孙子享天伦之乐，自作主张给扩廓娶了一名蒙古女子，揭开盖头时，扩廓惊奇的发现，新娘竟是乌斯格乐，乌斯格乐的意思是沉静，她就像她的名字一样静静地守候在扩廓的身边。
连战告捷的朱兴宗信心百倍，把矛头指向最后一个对手——元朝，同时觉得自己的现有名字——兴宗不够个性，决定换一个更为响亮特别的。
并把这个想法先告诉吉雅，他跟她解释说，自己龙形玉器璋上面刻有“锦绣登庙，圭璋在前”八字，璋乃锐利的玉器，自己就是诛杀元朝的那枚利器——诛元璋，所以他决定改名为朱元璋。并决定赐常伯仁名为常遇春，汤鼎臣为汤和，徐天德为徐达，刘基为刘伯温。
吉雅听完他的讲述犹如五雷轰顶，大惊失色，想不到自己一直信任的芊芊店长骗了她，朱重八不仅叫朱兴宗，还叫朱、元、璋！
一想到眼前这么熟悉的人竟然是鼎鼎大名的明朝开国皇帝朱元璋，吉雅又兴奋又彷徨，兴奋的是自己一直寻找的明皇帝朱元璋竟然是自己最亲近、最爱的人，背靠大树好乘凉呀；彷徨 的是皇帝都有三宫六院、七十二妃，后宫佳丽无数，自己这么个现代人怎能坦然与人共事一夫？真个是喜忧参半、百转愁肠！但毕竟还未到那个时候，所以也只是想想，未有什么过激举动，只是行事比以前更加谨慎，生怕惹恼了未来的皇帝。索性朱元璋对她呵护有加，二人相处地倒也甜甜蜜蜜。
第九十九章 心心念念（全文完）
元惠宗与太子合好如初，见识过朱元璋厉害的太子跟其父皇如实说明情况后，父子俩知道不是朱的对手，竟然收拾行李携家眷逃往大漠了！常遇春与徐达率军入大都如入无人之境。
元惠宗在蒙古草原建立了新政权，始称北元，在太子央求下，赐何芊芊名黄真伊，假说是朝鲜贡奉来的公主，立为太子妃，次年，惠完去世，爱猷太子即位，史称元昭宗，立黄真伊（何芊芊）为权皇后。权皇后虽知一切不可挽回，却因思念朱元璋，又不习惯大漠生活，心存一丝侥幸心理，怂恿昭宗反攻中原。昭宗为爱所迷，应允。
同年朱元璋于应天宣布即皇帝位，定年号为洪武，国号为明。赐萨仁吉雅汉人名：马秀英（吉雅嫌土，仍自称吉雅），册封为皇后。
徐达、常遇春、李元忠，英明神武，所向披靡，先攻锦州，击败元将江文清；后攻全宁，击败元丞相相也速；军队继续不停，进攻大兴州，击败并生擒元相脱火赤。常遇春不顾临行前塔娜的劝说，大肆屠戮俘虏，在胜利回师途中，不幸患了“御甲风”，暴亡。塔娜闻之伤心欲绝，留儿子寄养给吉雅，出家为尼，为常遇春的罪孽祈祷求福。
元昭宗知形势逼人，终于重新启用扩廓，中原只剩下扩廓的军队还在日夜练兵，等侍着与朱的决战。
虽然，吉雅劝说皇帝留扩廓一条命，朱元璋应允,心中却有些吃醋，而苦守在大漠的何芊芊终于意识到自己不过是朱元璋战争里的一枚棋子,当了皇帝的他早已把她忘到九宵云外,她犹如走火入魔一般,明知不可为而为之，加紧逼扩廓攻打明军的步伐,扩廓终于对明宣战。双方交战多次，互有胜负。
最后一战,朱元璋安排徐达折腾扩廓的军队，白日里摆擂台，敲锣打鼓唱戏的方式麻痹对方，夜间搞小股兵力偷袭，令向来不屑于这种下三滥方式过招的扩廓不胜其烦。
在一次夜间突袭中，朱令大部队挥师齐上，扩廓猝不及防，惨败。在手下的死命劝说下，带着妻子乌斯格乐并十八护卫，渡黄河准备逃往大漠。
朱元璋率领庞大的军队乘胜追击，当他追至黄河岸边，望着扶着妻子艰难渡黄河的扩廓，脑海蓦然浮现了吉雅那既似忧伤、又似乞求的眼神，他的心猛地颤抖了一下，眼前的扩廓和当初那个风餐露宿、居无定所、受人打骂的小乞丐朱重八是多么相像！我曾经在元的统治下失去很多，如今我也得到很多——辽阔的国土、心爱的女人，还有什么看不开呢？就个人来说，你我本无深仇大恨，且彼此惺惺相惜，只不过各怀其志罢了，罢了，罢了，且让他去吧！
“班师回朝！”朱元璋猛地一勒缰绳，骏马扬蹄嘶鸣，“驾！”不顾身后众多质疑的眼神，绝尘而去！
朱元璋虽深爱吉雅皇后，也知道她向往的是一夫一妻制的生活，但作为开国皇帝，手下将军都手握兵权，压力之下不得不纳将军之妹，邻国公主等女子为妃以固国本，他虽然临幸这些妃嫔，但心里却只想着吉雅一人，充满愧疚与不安。每日除去办公，大部分时间都陪着吉雅，对她更加殷勤疼爱，生怕失去她。
吉雅皇后此时已有身孕，她不断说服自己：皇帝不可能只有一个女人，要接受现实，可当她独守空闺，想到自己心爱之人此时可能正与别的女子行床第之欢时，还是禁不住心如刀割，被寂寞和痛苦重重包围。
她却再也没有从前的欢欣雀跃，皇帝不在时，她郁郁寡欢，面无笑颜，皇帝在时她强颜欢笑，却总是提不起精神，让皇帝又担心又害怕又痛苦。
吉雅的贴身丫鬟塞雪是扩廓将军安插在吉雅宫中的眼线，她通过御善房采买太监金山与扩廓将军的手下取得联系，一直源源不断地将吉雅的近况汇报给扩廓将军。
扩廓只想知道吉雅一切安好就安心了，但随着消息的不断传来，他意识到她在皇宫中过地很不开心。不禁心疼难忍,更加痛恨朱元璋，愤而操练蒙古骑兵，准备兴兵讨伐明军，救吉雅脱离苦海。
吉雅临盆之期将近，宫中得宠的郭惠妃，嚣张跋户却头脑简单，她在其它妃嫔的激将之下，趁皇帝去前朝办事，来皇后宫中耀武扬威，本就有些抑郁的吉雅在她的污言秽语刺激之下腹部疼痛，下体出血，太医急来诊治，诊断为难产，皇帝也闻讯赶来，十分担心，皇宫内，吉雅久生不下，受尽折磨，皇城外，扩廓挥师三十万大兵压境，准备与朱元璋决一死战。
朱元璋派徐达、汤和出兵应战，自己守在吉雅室外焦急等待，吉雅从塞雪口中得知扩廓将军即将与明军开战，大为震惊，一时间，脑海中充斥着各种影像：与朱重八青梅竹马的欢乐，瘟疫之时离别的痛苦，郭家军府第相遇的惊喜......过往相处的点点滴滴以及现在的落寞寡欢，酸甜苦辣错综交陈，情绪猛然崩溃，魂魄被瞬间逼出体外，直接穿回现代。
而马皇后本来的魂魄也前来归位肉身，见室外焦急等侍的皇帝对吉雅情深意重，便把灵魂交换之事原原本本地告诉了他，皇帝听完皇后魂魄的讲述，痛苦不堪却不得不接受这个现实。
皇后魂归肉身，顺利诞下朱元璋第一位皇子朱标。
皇后本人的灵魂无爱无恨，心胸开阔大气，既不计较吉雅曾经占据她的肉身，也不奢求皇帝爱上自己。
塞雪将皇后的表现通报到扩廓将军那里，扩廓默默祝福皇后，黯然收兵，诸位明朝将军皆感莫名其妙，言扩廓帖木儿精神不好，要追击元军，大战一场，只有朱元璋和汤和觉察此事定与吉雅有关，念其对吉雅用情至深，遂命不予追赶，班师回朝。
毕竟皇后本人无甚过错，又和吉雅生的一模一样，皇帝便与皇后相敬如宾，并立朱标为太子，想起吉雅时就会来皇后宫中探望，只是每次见她淡然处之、置身事外的样子，便心痛难忍，更加思念吉雅。
他派遣汤和出使北元，一方面劝北元归降明朝，另一方面私下向权皇后何芊芊询问吉雅的真实身份，芊芊如实相告。