边郡是东汉在边疆少数民族地区的行政区划制度，东汉郡县多因袭西汉旧制，边郡没有大的增减，唯郡的治所和辖区稍异于西汉，但边郡领县则较西汉骤减一百多，系在光武时废去，以东北、北方、西北诸边郡省并为甚。河西四郡和西南、南方边郡领县不见减少。西南有哀牢内属，增设永昌郡。此外，有“属国别领比郡”之举，即在少数民族聚居地区置属国都尉，“主蛮夷降者”，“治民比郡”，安置内附族众，有利于多民族国家的进一步形成和巩固。
东北
东北边郡东汉初因前制，有乐浪、玄菟、辽东、辽西、右北平、渔阳、上谷七边郡。是时高句丽强盛，取东沃沮地，公元30年（光武建武六年），遂罢乐浪东部都尉，弃单单大岭（今朝鲜北部大峰山脉、阿虎飞岭山脉）以东七县，乐浪郡境缩小。玄菟郡则内迁至今ln沈阳、抚顺一带，领县虽同西汉，但已非故地。安帝即位，以辽东郡之高显、候城、辽阳三县划属玄菟，又分辽东、辽西二郡地设立辽东属国，安置内附的乌桓、鲜卑，地位与郡等同。东北合有七郡一属国，受辖于幽州刺史部。边郡境外辽水以东为夫余、高句丽，辽水以西为乌桓、鲜卑。乌桓有内属的，布于缘边诸郡，“招来种人，给以衣食，置校尉以领护之”。灵帝中平年间，诸边郡乌桓“各自称王”，至献帝初平中，蹋顿总摄辽东、辽西、右北平三郡乌桓，“众皆从其号令”，又与冀州牧袁绍结姻，势倾北州。公元207年（建安十二年）曹操亲征乌桓，斩蹋顿于柳城（今ln朝阳南），东北边郡遂安。乌桓族众随征伐，“由是三郡乌桓，为天下名骑”。
北方
北方边郡东汉初因前制，有代郡、雁门、定襄、云中、五原、朔方、西hb地等八边郡；代郡属幽州刺史部，北地郡属凉州刺史部，其余六郡属并州刺史部。公元48年（汉光武建武二十四年），匈奴分裂成南北两部，南匈奴附汉，次年，北匈奴震怖，“却地千里”。二十六年春，令南单于入居云中；同年冬，徙居西河美稷县。此后，北方缘边八郡悉有匈奴屯聚，分部归属于右贤王和诸骨都侯、左南将军，总辖于南单于，有别郡县之外，“为郡县侦罗耳目”，守卫汉北方边境。章帝建初以后，又有北匈奴部众款五原、朔方、云中、北地诸郡塞下降汉，北方边郡广为匈奴散居，“生长汉地，开口仰食，岁时赏赐，动辄亿万”，世受汉廷优遇。留居漠北的北匈奴，公元89年（和帝永元元年）为汉将窦宪所破，一部分西迁，残留族众为转迁漠北的鲜卑所并。桓帝时，鲜卑檀石槐立国于匈奴故地，北方边郡屡受寇抄。檀石槐死后，鲜卑部众遂离散，边郡稍安。
西北
西北边郡东汉初因前制，有陇西、天水、金城、安定、武威、张掖、酒泉、敦煌八郡。公元74年（明帝永平十七年），改天水郡为汉阳郡。安帝又别置张掖属国和张掖居延属国，藉以安置内迁的匈奴。此外，西汉益州刺史部范围的武都郡，东汉划属于凉州刺史部管辖，西北合为九边郡二属国。境内多羌、胡、匈奴各族。羌种繁杂，较著的有烧当、先零、钟羌、卑喃、牢姐、烧何、封养、吾良、当煎、滇零、零昌、当阗等，散居金城、陇西、安定、汉阳诸郡；武都郡有参狼羌；金城郡湟中地区有“月氏胡”；张掖郡有“义从胡”。诸羌“或倥偬于豪右之手，或屈折于奴仆之勤”，因不堪东汉统治者的压迫，“群种蜂起”，纷纷反抗，边郡不宁，金城、陇西、安定诸郡都曾一度迁治。河西四郡二属国边地受北匈奴骚扰，自建武至于延光年间，玉门关、阳关曾数度关闭，“西域三绝三通”。
西南
西南边郡东汉初因前制，有犍为、牂牁、越巂、益州诸边郡。公元69年（明帝永平十二年），哀牢王柳貌遣子率种人五十五万余口内属，以其地设哀牢、博南二县，又以益州郡西部都尉所领不韦、yn等六县，合为永昌郡。安帝时又以广汉郡北部都尉置广汉属国；蜀郡西部都尉置蜀郡属国，犍为郡南部都尉置犍为属国；合为五郡三属国。灵帝时蜀郡属国改置为汉嘉郡；又于蜀郡北部都尉地设汶山郡。诸郡和属国境内民族众多，有氐、羌、夷、濮、僚等，史称“参差聚落”，“服叛难常”。
南方
南方边郡东汉因前制，有南海、苍梧、郁林、合浦、交趾、九真、日南七郡，但领县、辖区有异于西汉。日南郡南境原象林县地，顺帝永和后为林邑攻占，郡境较西汉内缩；九真郡西部，公元107年（安帝永初元年），“徼外夜郎蛮夷，举土内属，开境千八百四十里”，较西汉扩展。公元170年（灵帝建宁三年），“乌浒人十余万内属，皆受冠带，开置七县”，分属于郁林、合浦二郡。