那些小股黄巾军的小帅，分别都担任了正规兵的小头目，且他们的家属都得到了一视同仁的安置，全部接受卜己的安排。
兖州济北国国王和国相等逃到黄河以北；东郡连郡治都迁到黄河北岸的东武阳县。大量兖州民众不是迁往黄河以北便是前往青州避难。
八月底，皇甫嵩到达茌县，卜己带兵撤回泰山山区，利用山势层层狙击。
皇甫嵩所带的官兵大部分为骑兵，不适合山区作战，强行攻击，必将损失惨重，只好暂停进攻，等待陛下的命令；兖州之战结束。
董卓在汝南郡斩杀彭脱，黄巾军四散逃离。董卓只好继续清缴其它各郡，解救被围的王允。在董卓和王允的联合打击之下，豫州黄巾贼迅速被平定。
只是没有其他官军不配合，忙着杀戮，获取战功，使得他没能完成袁司徒交代的任务，内心非常郁闷。
细心的王允从黄巾军中搜查到一封中常侍张让的宾客所写的书信，信中涉及一些与黄巾军有关的内容。王允也不计较利害关系，他怀疑张让与黄巾军私通，便进一步追查，把其中的具体细节全部揭发出来，并上书皇帝。
王允反被张让诬告而下狱。
徐州的官军实力不强，把黄巾军驱赶到琅琊郡和兖州泰山郡的南部后，官军再继续无反击之力；东莱郡黄巾大将黄龙已在琅琊郡发展壮大。
扬州的黄巾军实力最弱，被当地官府和士族迅速打压下去。
战争打的最激烈的便是荆州南阳郡宛城。
朱儁的到来，使得官军的实力大增；且波才的败落，使得黄巾军的士气大跌；张角三兄弟被官军斩杀，让所有的黄巾军将士更是看不到任何希望。
此时黄巾渠帅赵弘被卢植击毙，宛城内的黄巾军由韩忠率领。
对宛城内的黄巾军来说，他们已不是为信仰而战了，仅仅是为了活下去，为了他们自己而战，被逼之下，爆发出的战斗力更加强大。
朱儁命人筑造土山，面对城内鸣鼓呐喊，摆出进攻城西南的态势。黄巾军全都赶赴城西南应敌。朱儁却自率精兵五千，进攻东北，将士鼓勇，登城而人，韩忠退守小城，非常惊惧，请求投降。
朱儁不允，登上土山，瞭望黄巾营垒，然后对其军司马张超说道：“我知道了，贼人的外围坚固，内营逼急，求降不得，想出也出不来，所以他们殊死战斗。万人一心，尚且不可当，何况是十万呢！强攻的害处太大了，不如把包围撤除，集合部队进城，韩忠看见包围已经解除了，一定会自己出来，等他们出来，兵心就散了，这是易于攻破的方法。“
卢植等人皆赞同这个办法。
于是下令解围。韩忠见围解，果然引军出战，大军乘势进击，大破其军，追击十余里，斩杀万余人。
韩忠等人只好投降，太守秦颉杀死韩忠。
官军出尔反尔，让黄巾余众感到恐惧，不能自安，又以孙夏为渠帅，还驻宛城。
9月底，朱儁进攻，孙夏败走，朱儁纵兵击杀数万；南阳郡黄巾因此破散流离，不复为害。
南阳郡黄巾之战胜利结束。
高顺在剿灭黄巾起义的战争中完全达到了他目的，扬名封侯，且获得了十多万合成名额。