广西方面集结完毕，发起西南战役前夕，周士相特意给广西巡抚邵九公发去急递，命其全权节制王有喜的第四镇、王兴的第十镇、卢光祖的远征军第二镇、广西新建的狼兵第三镇。此四镇同时合编为西南野战军团，军团都指挥一职由邵九公暂代。大军所需粮草辎重则由两广总督宋襄公并广西布政使张自昌负责。因广西残破，难以承担大军所需粮草，因此西南野战军团的粮草主要是广东方面经由水路输送而来。这当中有近一半是远征军从安南运回的稻米，即便如此，广东的压力也很大，因为这次西南战役，是军政同时着手。
军帅府的要求是大军每占领一地，就要立即恢复当地民生，设官治民，召集流亡，恢复生产。前者容易，后者却是复杂得多。不仅需要大量的官吏，还需要大量的粮草赈济百姓，其它如农具种子、简单的生活用具数量更是惊人。宋襄公为此曾致书周士相，坦称西南战役一开，广东近年来所有产出将尽数为之耗空。未来云贵两省所需要的官吏数目也将抽走广东好不容易培养出来的人才，可谓从此粤省再无闲人。
周士相在回信中对宋襄公如此说道：“粤省是我太平军最先光复的省份，也最早进行建乡设村，昔有越国十年生聚，十年教训，方有灭吴之成功。今以广东一省力担西南，苦在眼前，却利在千秋。唯有使西南尽快安定，百姓不再饥饿，我辈才算光复成功。否则，地方仍不靖，百姓仍挨饿，为活男而溺女，为活子而卖妻，光复又有何意?”
邵九公没有想到他还能重新东山再起，成为领军大员。
去年的柳州之战，邵九公指挥不利，若不是第五镇在于世忠的指挥下拼死南下，只怕广西早就落入线国安之手。战后，邵九公被升任广西巡抚，看着是出任封疆大吏，但对于重视军功的太平军而言，邵九公的前途明显不如那些直接领军的同僚明亮。虽然定武朝廷组建后，邵九公依旧得封新丰侯，但这个侯爷的含金量远不如同为侯爵的葛义、铁毅，及被追赠为忠国公的于世忠，蒋和、苏纳等人。并且长期在广西，远离南京政治中心，使得邵九公也以为自己被大帅冷落，一度有些灰心，甚至生了告老回江西老家的念头。不想，远在千里之外的大帅并没有忘记他，重新委他以重任，虽是暂代都指挥，邵九公却知这是大帅给自己的一个机会。接到组建西南野战军团的公文时，邵九公当真是万分狂喜。
命令卢光祖和王有喜他们善待吴军俘虏，自不是邵九公善心发作，而是周士相对他有明确的要求。周士相要求邵九公对吴军和清军要区分对待，要以攻心为上，攻城为下。对于顽固抵抗的吴军要坚决予以歼灭，对于主动放下武器投降的吴军将士则要善加安抚，绝不能一昧杀戮。
周士相如此要求自然是鉴于吴军从某种程度上来说，已经不再是助纣为虐的绿营兵，并且吴军的成份十分复杂，真正属于吴三桂的嫡系兵马恐怕不足四分之一，余下都是原明（清）军各部，派系复杂，内中不乏首鼠两端之辈。对这些人，适当的拉拢很有必要，不但可以减少太平军的伤亡，也可加快战争的进程。单纯的杀戮固然可以令吴军恐惧，但却也会让云贵的吴军没有退路，和太平军死战到底，这显然是不符合此次西南用兵意图的。
快打快进，以迅雷不及掩耳之势夺取云贵，是周士相为西南之役定下的基调。唯有快，才能迫使吴三桂从中原分兵回援，如此便会影响他和满清的决战，在战略上达到了牵制吴军北上脚步的目的。当然，在一些人看来，周士相此举也是间接帮了满清的大忙，不过在周士相自己看来，这个忙必须帮。因为如果不帮福临这个忙，周士相就无法将满州老老少少全堵在北.京一锅端。满州退回关外成为后金，重演万历以来的历史，周士相是绝对不愿意的。要么不做，要做，就做得干净。