吴三桂兵进永昌之时，清军统帅、信郡王多尼也率满汉大军进至昆明，于城外安营扎寨。左路清军线国安部也突破广西府城，定于26日前来昆明会师。
抵达昆明后，多尼便感到头疼，让他头疼的是入滇各部的粮草运输出现问题。
清军进入云南后，李定国便令各部明军实行坚壁清野，使得清军无法在云南就地补充粮草，加上明军突然退去，清军在没有抵抗的情况下长驱直入，结果固然占领了云南大部地区，可在钱粮方面却是所获有限，后勤补给线也随着清军推进过快出现问题，设在贵阳的粮草大营已经不能按照原先的计划定期向各部清军转运粮草。
另外，明军主力部队虽退去，可云南及贵州境内仍有不少明军杂牌和土司武装反抗清军，他们的存在直接威胁到了清军粮道，已致多尼不得不令平郡王罗可驿带兵北返，以确保粮道安全。
昆明这场大火让多尼也是措手不及，大火不仅焚毁了李定国屯于城中的数百万石粮食，更让城中百姓的存粮也毁于一旦，使得清军想从百姓手中搜粮都不得。
倘若永历朝廷随着昆明城一起覆没，那么清军的粮草问题也不算多大，可现在永历朝廷跑到了滇西，李定国、白文选等明军主力也退到了滇西南一带阻击清军。永历朝廷一日不亡，这场战争便一日不能结束。而战争一日不能结束，大军所需钱粮就是个无底洞，单靠贵阳粮草输送，显然是无法支撑入滇清军长时间和明军对峙的。
一方面，多尼将速战速决的希望放在了兵进永昌的吴三桂身上；另一方面，他让洪承畴带着固山额真宜尔德、户部章京卓罗、提督张勇到已占领各府州县视察，期望能够通过搜刮这些地方的粮食解决大军粮草不足的问题。
结果让多尼很失望，洪承畴回来奏报，说各府、州、县的钱粮他已叫府厅官员详细盘点，可就算把这些地方的钱粮全运到昆明来，也不够大军开支半月。现云南境内只有征南将军赵布泰驻扎的宜良县城略有粮米所得，其余各处都是坐吃山空，全靠贵州粮草输送。
多尼年轻，也是第一次出任大军统帅，缺少处置经验，他问洪承畴有什么办法可以缓解粮草不济，洪承畴却摇头说没有。巧妇难为无米之炊，洪承畴其实很想告诉多尼，目前这个局面其实是清军自己造成的，要不是清军各部在云南境内烧杀抢掠，云南百姓也不会视清兵为仇寇，那些土司也不会仍旧站在明朝那边不肯相助大清。若一开始清军便对云南推行剿抚并重的策略，对那些地方实力派和土司们加以拉拢，也不会落到如今这种地步。
多尼有些失望，洪承畴明确告诉他，想要继续支撑这场战事，贵州的粮食便是清军的生命线。而贵州的粮食又是清廷从东南调来的漕米，所以西南战事一日不结束，东南漕米便一日不能调拨京师，时间久了，京师定然有怨言。