“1、海军中袁世凯、刘冠雄余党要清除干净，在政治上必须取得一致；
2、凡在行营外违反禁令（包括吸毒、赌博、***私自在外居住等）给社会造成不良印象的海军官兵，军官一律撤职查办，士兵一律遣散；
3、在行营内部违反禁令进行赌博的，视情节轻重，分别给予训诫、警告、罚薪、撤职查办（遣散）等处分，凡累犯者，一律撤职查办（遣散）；
4、在行营内部违反禁令吸食鸦片的，限令一个月戒绝，戒绝期间一律调离原岗位，军官撤销职务保留军衔，一个月后视身体恢复情况重新安排工作，如不能戒绝或戒绝后复吸的，一律撤职查办；
5、有其他严重违法行为，如结党营私、贪污舞弊等，责令严查，按查处结果予以处分；
6、凡官兵请假，无正当理由逾期不归者，超假半月以内，予以训诫、警告或罚薪处理；超假半月以上，一律遣散，取消海军军籍；
7、‘保民’等7舰除籍后所有官兵编列候补，根据其余舰艇之空额按照能力、军衔、职务统一替补；
8、在以上基础上，重新安排各舰军官，进行改组，凡属逾期未归者，一律不予安排工作。”
萨镇冰、程壁光请罪：“海军目前情况，我等有不可推卸之责任，恳请大总统予以处分。”
“海军的现状，是袁世凯、刘冠雄等人一手造成的，和你们两位没有多大联系，但既然目前海军整肃，这失察一事恐怕也有若干关系，我想你们两个就接受一次训诫，也当是一次教训。”
“谢总统宽容。”
“汤芗铭虽然不在行营，但对海军近况亦有不小责任，同样给予训诫。”秦时竹想了想，“李鼎新直接负责海军基地管理，责任最大，情节也最严重，刚才前去时已是深夜，居然连酒都未醒，可见放肆到何等地步，此人不可再用。”
萨镇冰、程壁光等皆称善。
“那再请百里兄将海军改组意见谈一谈。”
“海军改组，一方面牵涉到旧有机构的撤销，另一方面又需要建立、健全新机构。海军部撤销后，由国防次长统管海军，设立海军司令部，同样下设海军四总部，原左右舰队一体撤销。”蒋方震随即拿出了他的高层名单：
海军总司令：萨镇冰上将（国防次长兼，统管海军）
海防总监：程壁光中将（副总参谋长兼，协同统管海军）
常务副司令：汤芗铭中将（原海军次长，分管基地、舰队，原舰队总司令李鼎新撤职查办）
副司令：蓝建枢少将（原左舰队司令，协助分管基地、舰队，原副司令蔡廷干<袁世凯余党>撤职查办）
海军参谋长：徐振鹏少将（原右舰队司令） 副参谋长：毛仲芳上校（原海军部参谋）
海军政治部主任：李景曦少将（原驻英学生监督） 副主任：谢葆璋上校（原二等参事）
海军装备部主任：李 和少将（原驻英舰艇制造监督） 副主任：吴德章上校（原海军部造船总监）
海军后勤部主任：黄裳治少将（原海军部一等参谋） 副主任：谢刚哲上校（留日海军第一期）
经过这一番简化，原海军部人员臃肿、机构过大的情况得到了改变——试想当时陆军部和海军部官员人数几乎一样多，陆军多少人？海军才多少人多少舰？明显不合理）。
“四总部设立后，海军基地由常务副司令汤芗铭直管，海军参谋部主要负责舰队日常训练、演习、作战等事宜；海军军纪、教育、研究所由海军政治部分管；海军各制造厂由海军装备部分管；后勤独立，由海军后勤部分管，逐步废除舰长人事任免权和财政统辖权。”按照这一设想，重新任免如下：
北疆船舶高等学院在吸收烟台海军学堂后改称海军学院（原烟台海军学堂监督郑汝成<袁世凯余党>撤职查办）
院长：叶在馥代将（原船舶高专校长）
副院长：高平寒上校（原船舶高专副校长）
教育总监：谢葆璋上校（兼）
教育少监：江中清中校（原烟台海校教务长，实际主持工作）
技术总监：王伯屏中校（著名轮机专家，留英）
技术少监：顾燕逸少校（王伯屏师弟，著名造船专家，留英）
训练总监：叶幼峰中校
训练少监：朱正霖少校（原烟台海校斋务长）
这个方案都是萨镇冰、程壁光和蒋方震商量过又商量再经过秦时竹的点头，现在提交出来，众人都表示没有异议。
“方才我找了沈鸿烈和凌霄谈话，都不约而同地谈到了目前海军中存在问题，尤其是派系之分，我在考虑，对舰队进行改组时，需要照顾这个情形。”秦时竹笑着对萨镇冰说，“这倒不是说闽系的人物不好，辽系的人物都好，你们看，今天陈绍宽、程耀垣、刘永浩、孟幕超等人的表现就不错，特别是陈绍宽，表现极为突出，不仅考试是满分，问题回答得不错，而且还能发动全舰官兵一起进修，堪称难得，这样的人才不重用我们还等什么？如果再按照刘冠雄论资排辈、讲究资历那一套，恐怕我们永远都得跟在别人后面亦步亦趋……考虑到这一、二年我们新接收和即将接收新舰艇，我拟成立一个练习分舰队，由新锐之将士担纲，以免沾染上那些暮气。”
一番话听得众人都是点头，但秦时竹的提拔方案却将几人吓了一跳。
“陈绍宽、程耀垣由少校擢为中校，分任应瑞、肇和两新式巡洋舰副舰长、代舰长，以一年为期进行考察，如果真胜任其职，一年后正式任舰长。”
“总统，这样一来，陈、程二人等于一次连升两级，是不是太过于飞速？”程壁光说了他的疑虑，“绍宽还好，耀垣嘛……”
“哈哈，我的程副总长，海军搞裙带之风是万万不可，不过如果你为了避嫌，凡是沾亲带故的优秀都不敢重用，如何能为国惜才――内举不避亲嘛！再者，耀垣前清时节已是少校军衔，前次晋升都让你硬生生给阻拦了，此次再不晋升，我对你可有意见了。”
众人大笑，程壁光也笑了。
“这样的破格提拔，不光光是为了表彰这上面几人，同时也是在给全体海军将士发信号。有些年轻军官，未必甘于沉沦，只是因为风气不好，上梁不正下梁歪，故而也沾染了一些不良习气，如果我们适时竖立几个典型，便可以实际例子来告诫他们奋发向上。从派系平衡考虑，我刚才着重提拔的都是闽系人物，在海军内部看来必然是公正之举，显得我对派系没有偏见只有唯才是举的方针，也有利于下一步改革。”
“总统从来都是唯才是举，没有门户之见，我和萨次长极为服膺，相信下面人也会体谅总统一片苦心。”
经过一番商议，练习舰队的名单新鲜出炉：
练习舰队辖通济、应瑞、肇和、北训四舰，将来再增飞鸿、龙湍两舰。
练习舰队司令：葛宝炎上校
舰队副司令：刘永浩中校（留英）
通济舰长：葛宝炎（兼）
副舰长：彭 瀛少校
练习舰队参谋长：孟幕超中校（留英）
练习舰队参谋：刘华式、周光祖、李右文、萧宝所（皆是留日第三期，上尉军衔）
应瑞副舰长（代舰长）：陈绍宽中校
肇和副舰长（代舰长）：程耀垣中校
北训舰长：郑礼庆中校（留日第二期）
副舰长：姚葵常少校（留日第二期）
飞鸿接收专员：叶芳哲少校（留美）
龙湍接收专员：陈石英少校（留美）
……