历史原版的红警是建立在爱因斯坦的“时间机器”的基础上，回到了过去，抹杀了希特勒改写了历史，然后制造了新的时空宇宙。
艾力克斯提供的故事背景继承了这一设定，但又在这个基础上，进行了一些调整。
一方面是因为在电影版本的《赤色黎明》里头，并没有这方面的历史背景设定出现。也就是说，可以通过游戏的故事背景设定，进一步完善《赤色黎明》的背景设定。
另一方面，因为爱因斯坦提出了著名的质能转换公式e=mc^2,而依照这一成果，科学家在“曼哈坦计划”中制造了人类历史上最具破坏力的武器——原子弹。这些都让人们对他的“神秘力量”产生了无形崇拜，大家也自然希望他能完成更为出色的工作！
而在游戏中，他确实做了一件惊人的工作。
爱因斯坦是这一时代非常著名的一位天才科学家，他创立了相对论，并且在此基础上首次建立了对统一时空结构的认识。在艾力克斯设计的游戏中，他跟尼古拉?特斯拉科学家共事，特斯拉是主攻电学的科学家，他们的合作是美国政府撮合的。
他们被命令参加了一个黑色的计划，这就被后世称为“凶兆”的费城实验。爱因斯坦提出了统一场论，并设计出了能够阻塞某种特定雷达而使物体无法被侦测到的装置。后来在来，美国空军完善了这个装置, 并且命名为“雅典娜”。
在1943年秋天。海军按照爱因斯坦的相对论的理论计算结果设置好了七个巨大的磁暴线圈，并且向一艘停泊在费城的中型驱逐舰艾尔德里奇号发送了强大的电波。
实验的结果，是成功而又惨不忍睹。
那艘船在七到十分钟完全成功地消失了。然而当这艘船再次出现的时候，海军研究员和科学家发现了令人毛骨悚然的结果。一些船员身首异处，而一些人则是被物化成了船体的一部分，甚至还深深陷入了船的结构。
这一结果的出现，使得爱因斯坦的时空统一论被完全推翻。
在跟特斯拉合作的过程中，爱因斯坦被对方的知识和远见给深深的折服了。不过，他也在跟对方的谈话中，发现了一些不同寻常的东西：“特斯拉不是这个时空的人。他来自未来！”
这是一个惊人的发现。政府军方紧急成立了专门小组进行调查。
进一步调查之后，爱因斯坦能够确定，他们的时空曾经受到了人为的影响和改变。在原本的历史上，是不会有希特勒出现的。也不会出现德国纳粹法西斯分子。是因为有人插手了他们的时空。改变了他们的历史时间线。
当这一发现向上面报告后。导致了特斯拉不明不白的死去，并且身边成吨的资料都被国家政府给收上去，然后封锁起来。并且从他的手稿中确认了爱因斯坦的推断。
问题是，要如何扭转已经被改变的历史，让他们的时空恢复到正常的轨迹。对于这个问题，美国政府将它交给爱因斯坦去思考解决方案。
爱因斯坦拿到特斯拉的手稿之后，获得了大量的新知识，并且重新考虑了他的理论，提交了一份关于黑色计划事件冗长的报告。几年之后他再次开始了对统一场论的研究。他决定通过进行时间旅行，而不是让一个物体消失来证明他的理论的正确性。
他的计划用一个巨大的磁场和电流产生一个小而易控制的虫洞，并很快掌握了创造时空结构的裂缝的力量和复杂的产生方法。
他根据特斯拉的手稿，创造一个基于虫洞理论、黑洞、电和磁的“时间机器”。能够让人类做时光旅行的理论叫做“时空转移”。其定义是“通过一个特定的窗口将物体从一个地方转移到另一个地方的能力”。于是爱因斯坦将他的“时间机器”命名为“超时空传送器”。
在1946年的某一天，新墨西哥州三一城。
在爱因斯坦主持下，美国政府进行了一次秘密的行动，也正是这一行动把《赤色黎明之红色警戒》的游戏时空和现实的历史的时空彻底地分离开来。
爱因斯坦考虑到，太多的人在第二次世界大战中丧生了，二战也对整个欧亚大陆造成严重的伤害，并导致大量可怕的杀人武器的发明和使用，给人类的思想里带来了许多近似双刃剑的意识形态——试图使世界重生，但同时又危害了全世界安全。
因此，爱因斯坦决定在确定他已经能够安全地实施“时间旅行”后，希望使用它来阻止第二次世界大战的发生，扭转历史的轨迹。
爱因斯坦知道，为了要实现这个目标只有一种方法：“消除这段扭曲历史的根源。”
这项实验的首要任务就是从历史上除去阿道夫?希特勒，从而把第二次世界大战从根切断。达到这个目的唯一方法，是在希特勒发迹之前将他干掉，从而修正历史时间线。