耽罗本是高丽的盟国。高丽臣服元世祖之后，元世祖要对日本和南宋用兵，而耽罗是通往日本和南宋的要冲（海道上的要冲），元世祖才开始注意耽罗这个小岛国。后来，元世祖专门派人到耽罗视察地形及道路。当时，耽罗已被一个反叛高丽的高丽人带兵占领。至元九年（1272）元朝廷决定用兵耽罗，为耽罗平复高丽叛党。次年，元世祖命人讨耽罗，半年之后，占领了这个海上小岛国，并在那里设立了耽罗国招讨司，驻兵一千七百人。元朝廷命耽罗国每年向其进贡当地特产毛施布一百匹。从此之后，耽罗成了元征伐日本的一个前沿哨所。
至元三十一年（1294），高丽王向元廷请求说：“耽罗的地方，自祖宗以来，就隶属于高丽，现在叛党已平，请让耽罗还和以前一样，作为高丽的附属。”元世祖答应了高丽王的请求。从此之后，耽罗又隶属于高丽了。
元朝与日本的关系如何？
元朝与日本的关系大致可以元世祖为界，分为两个时期，前一个时期主要是元对日本用兵，后一个时期主要是中日民间和商贸往来以及僧人、文人的往来。
元世祖时期，元世祖在军事上和政治上的胜利使得他急于宣威海外，也想像汉、唐盛世君王那样，让这些海外邻国向他称臣进贡。高丽向元世祖称臣之后，元世祖就急于想让日本也向他称臣纳贡。因此，从至元三年到至元十年之间，元世祖连续五次派使者出使日本，劝谕日本遣使来朝，当时，统治日本的镰仓政府态度很坚决，拒绝答复。在这种情况下，元世祖就不再以遣使为主而代之以大举讨伐。元世祖一生发动了两次大规模的征伐日本的战争。第一次是在至元十一年，派大小战船九百艘，汉军、蒙古军二万五千人，东征日本。元军虽有小胜，但日本抵抗亦顽强，使元军难以深入。后元军战船遇上海风，仓促撤回，首次征日结束。日本称这次战争为“文永之役”。第二次是在至元十八年，这回元世祖派两路大军，战船四千多艘，士兵十四万大举进伐日本。由于元军统帅内部矛盾重重，意见不合，指挥不协调，日本已有抵抗元军的经验，且做好了充分准备，因此在战争上没有取得什么成果，后来遇上海浪，损失惨重，第二次征伐日本宣告失败。日本称这次战役为“弘安之役”。这两次征日，激起了中国人和高丽人的反抗，此后，元世祖至死也再未派出一船一卒。
元政府与日政府处于战争状态，但民间的往来，特别是商贸往来却一直没有中断。战争停止后，日本商船来中国的更多。庆元港（今浙江宁波）是对日贸易的主要港口，日本商人多在此处互市。元政府对日本商船做了检查、抽分之后，即许日本船只登岸市易。此外福建、山东等地，也时有日本商船的到来。据资料统计，从成宗大德九年间（1305）至顺帝至正十年（1350）的四十五年中，其中三十三年都有日本商船来元。这只是大略统计，实际上还不止此数。中国出口的商品主要是瓷器，此外还有铜钱、香料、经卷、佛寺什器等。日本输入中国的则有黄金、刀剑、扇子等物。
除商人外，来元最多的是日本僧人。仅泰定三年（1326），元朝一次就“遣日本僧瑞兴等十四人还国”，可见来元之日僧的人数之多。据日本史家统计，元代来元的日本僧人知名的就多达二百二十余人。他们师从中国高僧学习佛经，学习中国传统文化，研究中国文学、艺术等。