提到开府，后世人第一反应就是日本的幕府，实际上幕府最早出现在中国，早在汉朝时期，三公和大将军就有开府的资格，而且这种制度一直延续到明初，在靖难之役后，开府才流于形势，成为了历史。
如今以朱怡成现在敏感的身份，重拾开府的确是个好办法，但对于开府后各官职的设置朱怡成花了不少心思，同时也找来些典籍研究了一番。
经过一番推敲，朱怡成的大都督府将设置文武各职，从具体职能划分建立起六科，这六科分别为吏、户、礼、兵、刑、工六科，以对应朝堂的六部，各科分工明确：吏科掌官吏任用、考核及调动：户科掌粮银、民政、财政；礼科掌礼仪、庆典、考试、祭祀诸事；兵科负责地方兵差渚事；工科掌水利、起盖城池、衙门、仓库等事。
各科主官称为大使，副职为副使。除去六科外，并设置军中指挥使、同知、佥事、镇抚、千户、副千户、百户、试百户、总旗、小旗等武职，以对应义军中各级将领等级。除此之外，还设置左右长史、主簿、参军等幕府直属官职，以对六科和各级军职进行制约，同时也担任大都督的参谋团和秘书处工作。
这些官职的设置不仅参考了明朝时期王府的编制，更把明制锦衣亲军的军职进行照搬，同时还加入了历朝代各开府的结构，然后再糅合在一起。从目前来看，这样的设置基本已能满足需求，说起来只是换个名义罢了，但至少对外宣传上来看不像袁奇当日所做的那么引人注目。
官职设定，那接下来就是封赏各人，可惜朱怡成手中可用的人太少，军职的封赏还好些，朱怡成以大都督身份兼领指挥使一职，同时由董大山领同知，并封了另一个从杭州之战就跟随自己的老人马功成也为同知，而下的各级官职也均有人担任，虽然远不足所设置的数量，但这么一来至少已能达到整顿的目的。
廖焕之担任左长史并兼吏科大使，这个职位可不低，所谓千金买马骨，作为第一个投靠自己的文人和大清官员，朱怡成这点肚量还是有的。对于廖焕之来讲，他也非常满意朱怡成对自己的任命，这足以证明他如今在义军中举足轻重的地位。
蒋瑾被封为参军，并兼领工科副使，在正使空缺的情况下，蒋瑾也异常高兴地接受了任命。王樊为户科副使，至于其他几科的大使暂时空缺，朱怡成同诸人商议后仅仅任命了几个各科属官，先行把各科运行起来，至于后续等有合适人选后再行任命。
任命下达后，得到封赏的各人心中均是大喜，同时也表示在宁波的义军真正摆脱了“反贼”的帽子，从一群乌合之众开始向正规军开始转变。同样，这次的封赏也令义军内部加强了凝聚力，使得义军士气大振，更有利于义军将来的发展。
既然开府，就要有开府后的规矩，之前随心所欲已一去不复返，今后的议事包括一些命令的发布都有了规章。作为左长史的廖焕之倒是很快就适应了自己新的角色，把整个大都督府打理的井井有条，倒是让朱怡成轻松了不少。
办完开府的事，朱怡成一方面要对开府后的各科工作进行考察，另一方面对于手下的义军的整编也在紧锣密鼓地进行之中。除去这些外，还有四海商行和水师的工作，再加上火器研发和其他种种要事，忙忙碌碌几日，朱怡成这才稍稍放松，这一日听完廖焕之等人向自己的汇报后，朱怡成提了一些建议，让各人按他的意思尽快去办。
“西边的情况现在如何？”朱怡成交代完各科工作要求后，喝了口茶问道。
情报工作基本还是由董大山直接负责，董大山当即回答道：“回大都督，祝建才部接连吃了几个败仗，其势已不如月前。清军步步紧逼，祝建才抵抗不住已带手下人马往西南而去，看样子是想同袁奇部汇合。”