目前，朱由检和郑家的关系很微妙复杂，而这个微妙复杂的具体体现体现在郑成功身。
郑成功既有对朝廷的忠也有对郑氏家族的孝，在朝廷和郑氏集团还未出现激化的矛盾之前，郑成功还能很好处在两者之间，扮演一个既忠且孝的完人。
郑氏集团的情况先述至此。
自揆一等荷兰殖民者战俘押送至南京后便被一直押解在刑部大佬等候裁决。
在以往历史，战俘肯定是要被直接处决的，年幼者或可被阉割直接变成内宦。
但现在朱由检则不打算这样处理，他晓谕刑部将这些战俘分别进行审讯，查问明白其本人在东番岛有没有欺压汉人百姓，若有则问其轻重，若没有则只判二十年徒刑，以罪其从敌之过。
若有且重者则判处一百年徒刑，若无且轻者则判处五十年徒刑。
朱由检这样做自然不是要宽宥他们而是要榨尽他们的劳动力，命令他们在造船厂和军械所服役，有技术在身者继续为大明制造各种机械，无技术者则充当苦役，若能立功者则可以减刑或提高一点待遇。
揆一这种荷兰的见习长官则自然是要被判处一百年徒刑的。
而荷兰殖民者在台湾的设备也被大量重新应用在了军械所与芷江造船厂，甚至还有制镜的设备，填补了大明在制镜工业方面的空缺。
其实，究竟怎么样才算是一个工业国家，朱由检也没有什么明确的概念，在他看来或许当大明有一天主要的国民经济是以工业为主的时候，大明才能算是一个真正意义的工业国家。
而现在的大明，农业依旧占据主要地位，因而算不工业化国家。
不过大明的工业现在的确已开始取得重大发展，大明军械所的体系日益趋于完善，从火炮到火枪再到非常规武器以及基础的重工业都有建立专门的研制与生产部门，而在理论建设也有大明工程院和大明科学院。
而轻工业方面，自从韩氏纺纱机出现后，纺纱机已不断改进，已利用水力驱动方式增进了纺纱工业发展。
魏国公徐爵已开始正式建立了生产玻璃的作坊，而锦衣卫都指挥使同知李若琏和驸马都尉巩永固也在养清客开始民用工业产品的研制和自然科学的理论研究。
但这些很多都是朱由检的促使才产生的，大明的工业化还没进入一个主动的进化过程，人们还没以普遍意识到工业是可以赚取更多利润与财富的。
朱由检觉得在崇祯二十年后开始，要想大明进一步进入工业化，得必须让大明有一个从自然科学理论研究到应用研制与产品生产的完整产业链与生态系统。
但现在朱由检还没有精力去想办法如何加快这一现象的出现，因为他还得随时关注着满清的再次南下与西南的边事。
在六月五日这一天，锦衣卫都指挥使吴孟明匆匆跑了来：
“陛下，刚刚收到来自四川的消息，张献忠已于崇祯十九年下半年发动南征攻势，现已攻下嘉定府县、重庆綦江；另外川东总兵官曾英战死，川南总兵杨展退守遵义，而在崇祯今年三月，遵义便也已失守，东川与乌蒙两府也相继失陷，贼兵兵峰直指云南曲靖！”