除此之外，周遇吉等人又得在实地统兵，朱由检不可能抽调这些领兵一方的大将回京坐镇，唯一适合的如今只有秦良玉这个为大明立下大功的老将，而且秦良玉在天下的威望也足够高，即便是张献忠现在占据四川后也不敢去动一个小小的石柱土司。
朱由检不想让官集团控制军权，只能把调兵和指挥之权都控制在自己手里，所以才成立了大元帅府，自己兼领大元帅府。
但军务也同政务一样，每天若是让朱由检自己处理事务肯定也要忙得半死，因而也的确需要一个枢密使处理日常事务。
这也算是朱由检想让秦良玉出任枢密使的原因，他还想让自己多活几年，不想过劳死。
但偏偏现在秦良玉却要推辞，因而这让朱由检心里很是不爽，但他也知道换作任何一个人只要没有做皇帝的野心，也不敢做这权高震主的官。
“正因为爱卿乃一介妇孺，朕才放心将这天下兵马交给你，而且朝臣也才会放心，朕知道爱卿公忠体国，满门忠义，不会抗朕的旨意，这枢密使你放心的当，即便不为了朕也得为了天下的江山社稷着想，难道爱卿真的甘愿看着朕将大明的天下兵马交到一不知兵的人手里，让大明的儿郎白白在战场送死吗，不只是你们秦家与马家，整个大明也没多少好儿郎了，不能让他们再白白送了性命。”
朱由检这么一说，秦良玉只得答应下来。
从公而言，她的确不敢抗旨。
从私而言，她自己的兄弟子侄死了太多，而且其不少都是因为昔日官掌兵不知兵事而胡乱指挥白白牺牲，更何况她自己现在剩余的子侄辈还在近卫军，她也的确不想让自己失去更多的亲人。
秦良玉做了枢密使执掌大元帅府日常军务的消息很快便被整个朝堂官员所知，而整个朝堂的官员虽然也知道秦良玉是一介妇孺但也的确没多少人提出异议，有一个六科言官倒是了奏疏，想阻止此事，但直接被朱由检贬到了贵州当知县。
朱由检现在对大明的军界官员构成很满意，大元帅府即朝廷枢有秦良玉坐镇，还有李岩主持参谋部，而地方有周遇吉、刘芳亮、黄得功这样的骁将，年轻一辈，郑成功、阎应元、顾炎武、夏完淳等已开始崭露头角，即便未来统领清军南征大明的统帅真的是洪承畴，那个在崇祯年间与卢象升齐名的人物，朱由检不相信自己大元帅府里现在的这些人物还不能对付得了他。
秦良玉坐镇大元帅府后，朱由检也轻松了下来，基本日常军务，他也不再亲自处理，趁着这段时间他得再去一趟军械所和大明工程院以及大明科学院，看看大明现在的科学技术发展的怎么样。