在朱由检没来之前，他可以代表大都督府与内阁全权处理这一带的所有军政事务。
早在朱由检还在关外时，他就已经乘舟来川。
现在的大明已经跟以前的大明不一样，陈子龙既是武官也是文官，但总的来说，现在的他的确是这一带的大明最高长官。
不过，让陈子龙没想到的是，他刚到阆中外的明军大营就得知孙可望答应投降的事。
陈子龙听后十分意外：“怎么是孙可望，李定国呢？！”
近卫军第五镇参将翁之琪回道：“下官不知，目前只收到孙可望的投降回文。”
这时候，总督樊一蘅不由得笑道：“想必其他流寇实在是冥顽不灵，意欲要顽抗到底，督师，以下官看，不如直接攻入城中，将这些据不投降的流寇全部格杀勿论！以绝后患！”
“不可！”
陈子龙当即回绝了樊一蘅的建议，道：“眼下北伐在即，朝廷无法增派更多的兵马来川剿灭南下之清军，当尽量招降更多的大西军来对付清军，这样，近卫军第五镇就不必长期停于四川，可以尽快回湖广北上商洛，何况，这李定国是陛下亲自提到的，要务必招降此人，其陛下已下特旨，谁能招降此人，官升**！”
樊一蘅和曾英听后倒吸一口凉气，他们没想到远在南京的大明皇帝陛下会对一个流寇头目这么上心，竟然光是招降了此人都要官升**。
曾英这时候忙问道：“敢问督师，孙可望呢？若是招降了他，官升几级？”
陈子龙看了他一眼：“陛下交代，此人尽量不留！”
曾英听后大为不解，但心想圣意如此，他也不好置喙。
陈子龙则继续说道：“但无论如何，既然他愿意主动投降也是好事，翁之琪，你回复孙可望，就说本官同意他投降，让他今晚戌时正开南城门集合，彼时，本官会派兵接管南城门，而他们可直接在我们给他们流出来的空地上扎营，并会在空地上给他们留粮草三百石并布衣五千套！”
“是！”
翁之琪便立即下去照办了起来。
而孙可望得知明军接受他的投降后倒也没有迟疑，立即主动开了南城门，甚至还来见了陈子龙。
陈子龙见了孙可望，问道：“其他大西军呢？”
孙可望忙道：“回督师，李定国和刘文秀准备连夜出城北上投清！末将请命，愿去拦他们回来。”
陈子龙听后大为惊讶。
樊一蘅更是气愤至极：“这真是无耻！督师，下官不明白，陛下为何对这李定国记在心上，然此人却宁欲去做汉奸也不肯做我大明臣子！”
曾英也道：“末将与李定国以前也交过手，此人倒的确很知兵，但没想到他竟如此没有气节，要做汉奸！”
孙可望听后暗自窃笑起来，他就是想借明军之手除掉李定国并趁机吞并李定国的兵马。